Законно ли требовать доплату госпошлины, если она оплачена по старому тарифу до повышения стоимости, а услуга оказывается после?

По состоянию на какую дату определяется размер государственной пошлины — на день её уплаты или на день обращения за услугой

Пошлина — это сбор, взимаемый «при обращении» в уполномоченный орган за совершением юридически значимого действия. Это ключевая привязка: правовое значение имеет момент обращения, а не момент, когда гражданин решил заплатить заранее.

Государственная пошлина - сбор, взимаемый с лиц, указанных в статье 333 17 настоящего Кодекса, при их обращении в государственные органы, органы местного самоуправления , органы публичной власти федеральной территории "Сириус" , иные органы и (или) к должностным лицам, которые уполномочены в соответствии с законодательными актами Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации и нормативными правовыми актами органов местного самоуправления , представительного органа федеральной территории "Сириус" , за совершением в отношении этих лиц юридически значимых действий, предусмотренных настоящей главой, за исключением действий, совершаемых консульскими учреждениями Российской Федерации.
— п. 1 ст. 333.16 НК РФ

Плательщиком пошлины лицо признаётся именно тогда, когда «обращается за совершением юридически значимых действий» (подп. 1 п. 2 ст. 333.17 НК РФ). Значит, сама обязанность уплаты и её параметры привязаны законом к факту обращения, а не к факту перечисления денег.

1. Указанные в пункте 1 настоящей статьи лица признаются плательщиками в случае, если они: 1) обращаются за совершением юридически значимых действий, предусмотренных настоящей главой; 2) выступают ответчиками (административными ответчиками) в судах общей юрисдикции, Верховном Суде Российской Федерации, арбитражных судах или по делам, рассматриваемым мировыми судьями, и если при этом решение суда принято не в их пользу и истец (административный истец) освобожден от уплаты государственной пошлины в соответствии с настоящей главой. (В редакции Федерального закона от 08.03.2015 № 23-ФЗ)
   — п. 2 ст. 333.17 НК РФ

Конкретный срок уплаты установлен подп. 5.2 п. 1 ст. 333.18 НК РФ: по общему правилу — «до подачи заявлений и (или) документов», а при электронной подаче — «после подачи указанных заявлений, но до принятия их к рассмотрению». То есть закон привязывает уплату к стадии подачи/принятия заявления к рассмотрению.

при обращении за совершением юридически значимых действий, за исключением юридически значимых действий, указанных в подпунктах 1 - 5 1 , 5 3 настоящего пункта, - до подачи заявлений и (или) документов на совершение таких действий либо в случае, если заявления на совершение таких действий поданы в электронной форме, после подачи указанных заявлений, но до принятия их к рассмотрению; (Дополнение подпунктом - Федеральный закон от 03.12.2011 № 383-ФЗ ) (В редакции Федерального закона от 29.09.2019 № 325-ФЗ) 5 3 ) при обращении за совершением юридически значимого действия, указанного в подпункте 138 пункта 1 статьи 333 33 настоящего Кодекса, - после подачи заявления и документов на совершение такого действия, но до выдачи федеральных специальных марок; (Дополнение подпунктом - Федеральный закон от 03.08.2018 № 301-ФЗ) (В редакции Федерального закона от 28.11.2025 № 425-ФЗ) 6) (Подпункт утратил силу - Федеральный закон от 29.09.2019 № 325-ФЗ) 7) при ежегодном подтверждении статуса международной компании - не позднее 31 марта года, следующего за годом регистрации международной компании или за последним годом, в котором было осуществлено такое подтверждение. (Дополнение подпунктом - Федеральный закон от 26.03.2022 № 66-ФЗ) 2. Государственная пошлина уплачивается плательщиком, если иное не установлено настоящей главой.
— подп. 5.2 п. 1 ст. 333.18 НК РФ

Отсюда практический вывод для дат. Поскольку пошлина — сбор «при обращении», а срок её уплаты по подп. 5.2 привязан к подаче заявления, размер пошлины определяется по состоянию на день подачи заявления на совершение юридически значимого действия (а при электронной подаче — не позднее принятия заявления к рассмотрению). Если на этот день действовала уже повышенная ставка, требование доплатить разницу по существу законно; если заявление было подано до повышения — незаконно.

Однако решающее значение имеют конкретные даты. Если Вы подали заявление до вступления в силу новой (повышенной) ставки, но орган лишь теперь ссылается на «повышение», — Ваша уплата по старому тарифу является надлежащей, а требование доплаты неправомерно. Если Вы уплатили заранее, а заявление подали уже после повышения, доплата до действующей ставки в целом обоснованна. В любом случае доплата должна идти в бюджет по реквизитам органа, совершающего юридически значимое действие, а не в кассу посредника (автошколы, МФЦ, иной организации) как плата за её услуги — это прямо следует из того, что пошлина есть сбор в бюджет (п. 2 ст. 333.16, п. 3 ст. 333.18 НК РФ).

Вывод. Размер госпошлины определяется ставкой, действующей на день подачи заявления на совершение юридически значимого действия (а при электронной подаче — не позднее принятия заявления к рассмотрению). Если заявление подано до повышения ставки — уплаченная по старому тарифу пошлина надлежаща, и требование доплаты незаконно; если заявление подано после повышения — доплата разницы до действующей ставки причитается в бюджет, но только по реквизитам органа, а не посредника.

Уже уплаченная пошлина не «сгорает»: возврат и зачёт уплаченной суммы

Платёжные документы у Вас на руках, и закон прямо определяет их доказательственную силу: факт уплаты в наличной форме подтверждается квитанцией установленной формы, а в безналичной — платёжным поручением с отметкой банка; при наличии сведений в ГИС ГМП дополнительное подтверждение не требуется.

Факт уплаты государственной пошлины плательщиком в наличной форме подтверждается либо квитанцией установленной формы, выдаваемой плательщику банком, либо квитанцией, выдаваемой плательщику должностным лицом или кассой органа, в который производилась оплата. (В редакции федеральных законов от 31.12.2005 № 201-ФЗ; от 24.07.2007 № 216-ФЗ) Факт уплаты государственной пошлины плательщиком подтверждается также с использованием информации об уплате государственной пошлины, содержащейся в Государственной информационной системе о государственных и муниципальных платежах, предусмотренной Федеральным законом от 27 июля 2010 года № 210-ФЗ "Об организации предоставления государственных и муниципальных услуг". (Дополнение абзацем - Федеральный закон от 28.07.2012 № 133-ФЗ) При наличии информации об уплате государственной пошлины, содержащейся в Государственной информационной системе о государственных и муниципальных платежах, дополнительное подтверждение уплаты плательщиком государственной пошлины не требуется. (Дополнение абзацем - Федеральный закон от 28.07.2012 № 133-ФЗ) 4. Иностранные организации, иностранные граждане и лица без гражданства уплачивают государственную пошлину в порядке и размерах, которые установлены настоящей главой соответственно для организаций и физических лиц. Международные компании уплачивают государственную пошлину в порядке и размерах, установленных настоящей главой для организаций. (Дополнение абзацем - Федеральный закон от 26.03.2022 № 66-ФЗ) 5.
— абз. 3 п. 3 ст. 333.18 НК РФ

Если доплата не потребуется (заявление подано до повышения) либо уплачена сумма в большем размере, чем предусмотрено главой, излишне уплаченная пошлина подлежит возврату. Это самостоятельное основание возврата.

1. Уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае: 1) уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено настоящей главой; 2) возвращения заявления, жалобы или иного обращения или отказа в их принятии судами либо отказа в совершении нотариальных действий уполномоченными на то органами и (или) должностными лицами. Если государственная пошлина не возвращена, ее сумма засчитывается в счет уплаты государственной пошлины при повторном предъявлении иска, административного иска, если не истек трехгодичный срок со дня вынесения предыдущего решения и к повторному иску, административному иску приложен первоначальный документ об уплате государственной пошлины; (В редакции Федерального закона от 08.03.2015 № 23-ФЗ) 3) прекращения производства по делу (административному делу) или оставления заявления (административного искового заявления) без рассмотрения Верховным Судом Российской Федерации, судами общей юрисдикции или арбитражными судами. При заключении мирового соглашения (соглашения о примирении), отказе истца (административного истца) от иска (административного иска), признании ответчиком (административным ответчиком) иска (административного иска), в том числе по результатам проведения примирительных процедур, до принятия решения судом первой инстанции возврату истцу (административному истцу) подлежит 70 процентов суммы уплаченной им государственной пошлины, на стадии рассмотрения дела судом апелляционной инстанции - 50 процентов, на стадии рассмотрения дела судом кассационной инстанции, пересмотра судебных актов в порядке надзора - 30 процентов.
   — п. 1 ст. 333.40 НК РФ

Возврат оформляется заявлением, которое подаётся плательщиком в орган, уполномоченный совершать соответствующие юридически значимые действия, с приложением копий платёжных документов.

Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины подается плательщиком государственной пошлины в орган (должностному лицу), уполномоченный совершать юридически значимые действия, за которые уплачена (взыскана) государственная пошлина. Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины может быть подано с использованием единого портала государственных и муниципальных услуг, региональных порталов государственных и муниципальных услуг и иных порталов, интегрированных с единой системой идентификации и аутентификации. (Дополнение абзацем - Федеральный закон от 29.09.2019 № 325-ФЗ) (В редакции Федерального закона от 28.11.2025 № 425-ФЗ) К заявлению о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины прилагаются копии платежных документов.
— п. 3 ст. 333.40 НК РФ

Дополнительно: если орган вернёт заявление или откажет в его принятии, пошлина также подлежит возврату — это ещё одно основание.

1. Уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае: 1) уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено настоящей главой; 2) возвращения заявления, жалобы или иного обращения или отказа в их принятии судами либо отказа в совершении нотариальных действий уполномоченными на то органами и (или) должностными лицами. Если государственная пошлина не возвращена, ее сумма засчитывается в счет уплаты государственной пошлины при повторном предъявлении иска, административного иска, если не истек трехгодичный срок со дня вынесения предыдущего решения и к повторному иску, административному иску приложен первоначальный документ об уплате государственной пошлины; (В редакции Федерального закона от 08.03.2015 № 23-ФЗ) 3) прекращения производства по делу (административному делу) или оставления заявления (административного искового заявления) без рассмотрения Верховным Судом Российской Федерации, судами общей юрисдикции или арбитражными судами. При заключении мирового соглашения (соглашения о примирении), отказе истца (административного истца) от иска (административного иска), признании ответчиком (административным ответчиком) иска (административного иска), в том числе по результатам проведения примирительных процедур, до принятия решения судом первой инстанции возврату истцу (административному истцу) подлежит 70 процентов суммы уплаченной им государственной пошлины, на стадии рассмотрения дела судом апелляционной инстанции - 50 процентов, на стадии рассмотрения дела судом кассационной инстанции, пересмотра судебных актов в порядке надзора - 30 процентов.
   — п. 1 ст. 333.40 НК РФ

Вывод. Уплаченная Вами сумма не пропадает. При излишней уплате (в том числе если пошлина уплачена по ставке больше действующей) она возвращается по заявлению в орган, совершающий юридически значимое действие, с приложением копий платёжных документов; если заявление будет возвращено или в его принятии откажут — пошлина тоже подлежит возврату. Целесообразно одновременно с подачей заявления указать на уплаченную сумму и при необходимости подать заявление о возврате/зачёте.

Вправе ли орган отказать в приёме или рассмотрении документов из-за недоплаты

Государственные услуги предоставляются на бесплатной основе, кроме случаев, предусмотренных законом, а государственная пошлина взимается только «в случаях, порядке и размерах, установленных законодательством о налогах и сборах».

Государственные и муниципальные услуги предоставляются заявителям на бесплатной основе, за исключением случаев, предусмотренных частями 2 и 3 настоящей статьи. 2. Государственная пошлина взимается за предоставление государственных и муниципальных услуг в случаях, порядке и размерах, установленных законодательством Российской Федерации о налогах и сборах. 3. В случаях, предусмотренных федеральными законами, принимаемыми в соответствии с ними иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, нормативными правовыми актами субъектов Российской Федерации, муниципальными правовыми актами, государственные и муниципальные услуги оказываются за счет средств заявителя впредь до признания утратившими силу положений федеральных законов, принимаемых в соответствии с ними иных нормативных правовых актов Российской Федерации, нормативных правовых актов субъектов Российской Федерации, муниципальных правовых актов, в соответствии с которыми государственные и муниципальные услуги оказываются за счет средств заявителя. 4. В случае внесения изменений в выданный по результатам предоставления государственной или муниципальной услуги документ, направленных на исправление ошибок, допущенных по вине органа и (или) должностного лица, многофункционального центра и (или) работника многофункционального центра, плата с заявителя не взимается. (Дополнение частью - Федеральный закон от 29.12.2017 № 479-ФЗ) Статья 9.
— ч. 1 ст. 8 ФЗ от 27.07.2010 № 210-ФЗ

Значит, орган не свободен устанавливать дополнительные денежные условия: объём требований по пошлине ограничен налоговым законодательством. Принцип правомерности взимания пошлины прямо закреплён как принцип предоставления услуг.

правомерность взимания с заявителей государственной пошлины за предоставление государственных и муниципальных услуг, платы за предоставление государственных и муниципальных услуг, платы за предоставление услуг, которые являются необходимыми и обязательными для предоставления государственных и муниципальных услуг и предоставляются организациями и уполномоченными в соответствии с законодательством Российской Федерации экспертами , указанными в части 2 статьи 1 настоящего Федерального закона; (В редакции Федерального закона от 30.12.2020 № 509-ФЗ) 4) открытость деятельности органов, предоставляющих государственные услуги, и органов, предоставляющих муниципальные услуги, а также организаций, участвующих в предоставлении предусмотренных частью 1 статьи 1 настоящего Федерального закона государственных и муниципальных услуг; 5) доступность обращения за предоставлением государственных и муниципальных услуг и предоставления государственных и муниципальных услуг, в том числе для лиц с ограниченными возможностями здоровья; 6) возможность получения государственных и муниципальных услуг в электронной форме, если это не запрещено законом, а также в иных формах, предусмотренных законодательством Российской Федерации, по выбору заявителя , за исключением случая, если на основании федерального закона предоставление государственной или муниципальной услуги осуществляется исключительно в электронной форме . (В редакции Федерального закона от 30.12.2020 № 509-ФЗ)
— п. 3 ст. 4 ФЗ от 27.07.2010 № 210-ФЗ

Ключевой контраргумент против автоматического отказа: основания для отказа в приёме документов и в предоставлении услуги должны быть установлены нормативно (в исчерпывающем перечне, предусмотренном ч. 1 ст. 7 ФЗ-210), а не определяться на усмотрение должностного лица. Поэтому требование «иначе документы не примем/не рассмотрим» правомерно лишь тогда, когда недоплата объективно существует (заявление подано после повышения ставки) и орган вправе требовать доплату. Если же заявление подано до повышения, отказ со ссылкой на «новую цену» выходит за пределы закона.

Если орган всё же отказывает или бездействует, заявитель имеет право на досудебное (внесудебное) обжалование в процессе получения услуги.

досудебное (внесудебное) рассмотрение жалоб в процессе получения государственных и (или) муниципальных услуг; (В редакции Федерального закона от 03.12.2011 № 383-ФЗ) 5) получение государственных и муниципальных услуг в многофункциональном центре в соответствии с соглашениями, заключенными между многофункциональным центром и органами, предоставляющими государственные услуги, и соглашениями, заключенными между многофункциональным центром и органами, предоставляющими муниципальные услуги (далее - соглашения о взаимодействии), с момента вступления в силу соответствующего соглашения о взаимодействии. 2. При получении результатов предоставления государственной или муниципальной услуги в отношении несовершеннолетнего законным представителем несовершеннолетнего, являющимся заявителем, реализация права на получение результатов предоставления государственной или муниципальной услуги в отношении несовершеннолетнего, оформленных в форме документа на бумажном носителе, может осуществляться законным представителем несовершеннолетнего, не являющимся заявителем. В этом случае заявитель, являющийся законным представителем несовершеннолетнего, в момент подачи заявления о предоставлении государственной или муниципальной услуги указывает фамилию, имя, отчество (при наличии), сведения о документе, удостоверяющем личность другого законного представителя несовершеннолетнего, уполномоченного на получение результатов предоставления соответствующей услуги в отношении несовершеннолетнего.
— п. 4 ч. 1 ст. 5 ФЗ от 27.07.2010 № 210-ФЗ

Вывод. Орган не вправе устанавливать произвольные денежные условия: пошлина взимается исключительно по НК РФ, а основания отказа в приёме документов и в услуге должны быть нормативно определены, а не выводиться из «повышения тарифа». Если заявление подано до повышения — отказ в приёме/рассмотрении со ссылкой на новую цену неправомерен, и доступна досудебная (внесудебная) жалоба.

Что делать при требовании доплаты: обжалование в вышестоящий орган и суд

Закон прямо даёт заявителю право оспорить решение, действие (бездействие) органа, если нарушены его права, созданы препятствия к их осуществлению или на него незаконно возложены обязанности, — как в вышестоящий в порядке подчинённости орган, так и напрямую в суд.

Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменационной комиссии), должностного лица, государственного или муниципального служащего (далее - орган, организация, лицо, наделенные государственными или иными публичными полномочиями), если полагают, что нарушены или оспорены их права, свободы и законные интересы, созданы препятствия к осуществлению их прав, свобод и реализации законных интересов или на них незаконно возложены какие-либо обязанности. Гражданин, организация, иные лица могут обратиться непосредственно в суд или оспорить решения, действия (бездействие) органа, организации, лица, наделенных государственными или иными публичными полномочиями, в вышестоящие в порядке подчиненности орган, организацию, у вышестоящего в порядке подчиненности лица либо использовать иные внесудебные процедуры урегулирования споров.
— ч. 1 ст. 218 КАС РФ

Если Вы обратитесь в суд, административное исковое заявление может быть подано в течение трёх месяцев со дня, когда стало известно о нарушении прав.

Если настоящим Кодексом не установлены иные сроки обращения с административным исковым заявлением в суд, административное исковое заявление может быть подано в суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации, иному лицу стало известно о нарушении их прав, свобод и законных интересов.
— ч. 1 ст. 219 КАС РФ

По спорам с органом, предоставляющим государственную услугу, такое заявление рассматривается районным судом по правилам главы 22 КАС РФ (оспаривание решений, действий (бездействия) органа государственной власти).

Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменационной комиссии), должностного лица, государственного или муниципального служащего (далее - орган, организация, лицо, наделенные государственными или иными публичными полномочиями), если полагают, что нарушены или оспорены их права, свободы и законные интересы, созданы препятствия к осуществлению их прав, свобод и реализации законных интересов или на них незаконно возложены какие-либо обязанности. Гражданин, организация, иные лица могут обратиться непосредственно в суд или оспорить решения, действия (бездействие) органа, организации, лица, наделенных государственными или иными публичными полномочиями, в вышестоящие в порядке подчиненности орган, организацию, у вышестоящего в порядке подчиненности лица либо использовать иные внесудебные процедуры урегулирования споров.
— ч. 1 ст. 218 КАС РФ

Вывод. Порядок действий: (1) подать письменную жалобу руководителю (в вышестоящий в порядке подчинённости орган) с приложением копий квитанции и чека и указанием даты подачи заявления; (2) при отказе или бездействии — обратиться в районный суд в порядке главы 22 КАС РФ (административное исковое заявление об оспаривании решения/действия/бездействия) в течение трёх месяцев со дня, когда стало известно о нарушении права. Требование, оформленное в виде претензии или жалобы, целесообразно подавать письменно, с отметкой о вручении.

Гражданско-правовые последствия незаконного требования доплаты или отказа

Если орган незаконно требует доплату или отказывает в приёме/рассмотрении документов, у Вас могут возникнуть убытки (расходы, потери времени, вынужденные платежи). Закон прямо предусматривает их возмещение за счёт казны соответствующего публично-правового образования.

Убытки, причиненные гражданину или юридическому лицу в результате незаконных действий (бездействия) государственных органов, органов местного самоуправления или должностных лиц этих органов, в том числе издания не соответствующего закону или иному правовому акту акта государственного органа или органа местного самоуправления, подлежат возмещению Российской Федерацией, соответствующим субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием. Статья 16 1 . Компенсация ущерба, причиненного правомерными действиями государственных органов и органов местного самоуправления В случаях и в порядке, которые предусмотрены законом, ущерб, причиненный личности или имуществу гражданина либо имуществу юридического лица правомерными действиями государственных органов, органов местного самоуправления или должностных лиц этих органов, а также иных лиц, которым государством делегированы властные полномочия, подлежит компенсации. (Дополнение статьей - Федеральный закон от 30.12.2012 № 302-ФЗ) Подраздел 2. Лица Глава 3. Граждане (физические лица) Статья 17. Правоспособность гражданина 1. Способность иметь гражданские права и нести обязанности (гражданская правоспособность) признается в равной мере за всеми гражданами. 2. Правоспособность гражданина возникает в момент его рождения и прекращается смертью. Статья 18. Содержание правоспособности граждан Граждане могут иметь имущество на праве собственности; наследовать и завещать имущество;
— ст. 16 ГК РФ, п. 2

Аналогичное правило установлено в деликтной норме об ответственности за вред, причинённый государственными органами и их должностными лицами.

Вред, причиненный гражданину или юридическому лицу в результате незаконных действий (бездействия) государственных органов, органов местного самоуправления либо должностных лиц этих органов, в том числе в результате издания не соответствующего закону или иному правовому акту акта государственного органа или органа местного самоуправления, подлежит возмещению. Вред возмещается за счет соответственно казны Российской Федерации, казны субъекта Российской Федерации или казны муниципального образования.
— ст. 1069 ГК РФ

Отдельно учитывайте действие закона во времени: акты не имеют обратной силы и применяются к отношениям, возникшим после введения их в действие; на отношения, возникшие до введения, закон распространяется, только если это прямо предусмотрено.

Акты гражданского законодательства не имеют обратной силы и применяются к отношениям, возникшим после введения их в действие. Действие закона распространяется на отношения, возникшие до введения его в действие, только в случаях, когда это прямо предусмотрено законом. 2. По отношениям, возникшим до введения в действие акта гражданского законодательства, он применяется к правам и обязанностям, возникшим после введения его в действие. Отношения сторон по договору, заключенному до введения в действие акта гражданского законодательства, регулируются в соответствии со статьей 422 настоящего Кодекса. Статья 5. Обычаи (Наименование в редакции Федерального закона от 30.12.2012 № 302-ФЗ) 1. Обычаем признается сложившееся и широко применяемое в какой-либо области предпринимательской или иной деятельности, не предусмотренное законодательством правило поведения, независимо от того, зафиксировано ли оно в каком-либо документе. (В редакции Федерального закона от 30.12.2012 № 302-ФЗ) 2. Обычаи, противоречащие обязательным для участников соответствующего отношения положениям законодательства или договору, не применяются. (В редакции Федерального закона от 30.12.2012 № 302-ФЗ) Статья 6. Применение гражданского законодательства по аналогии 1.
— п. 1 ст. 4 ГК РФ

Для Вашей ситуации это означает: если ставка пошлины была повышена нормативным актом, он не может «задним числом» ухудшить положение по уже совершённым действиям (например, по пошлине, уплаченной и заявление по которой подано до его вступления в силу), если сам акт не установил иного. Причинённые незаконными действиями органа убытки возмещаются за счёт казны.

Вывод. Незаконное требование доплаты или неправомерный отказ в приёме/рассмотрении документов дают право на возмещение убытков за счёт казны (ст. 16, 1069 ГК РФ). Норма о повышении ставки не имеет обратной силы и не применяется к отношениям, возникшим до её введения, если иное прямо не предусмотрено. Возмещение убытков заявляется в том же суде — районном, в порядке главы 22 КАС РФ, в течение трёх месяцев со дня, когда стало известно о нарушении права.

Риски при отказе доплатить и при бездействии органа

Главный риск при отказе доплатить (когда доплата объективно причитается — заявление подано после повышения ставки) — орган вернёт заявление и (или) документы без их рассмотрения, и услуга не будет оказана. Однако и в этом случае деньги не пропадают: закон прямо относит возвращение заявления о совершении юридически значимого действия и (или) документов без их рассмотрения к основаниям возврата уплаченной пошлины.

возвращения заявления о совершении юридически значимого действия и (или) документов без их рассмотрения уполномоченным органом (должностным лицом), совершающим данное юридически значимое действие.
— подп. 7 п. 1 ст. 333.40 НК РФ

Это означает: если Вы не согласитесь доплачивать и орган вернёт заявление без рассмотрения, уплаченную сумму можно вернуть по заявлению (см. блок 2), а не «потерять». При этом затягивание решения несёт и процессуальный риск: судебное обжалование ограничено трёхмесячным сроком со дня, когда стало известно о нарушении права.

Если настоящим Кодексом не установлены иные сроки обращения с административным исковым заявлением в суд, административное исковое заявление может быть подано в суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации, иному лицу стало известно о нарушении их прав, свобод и законных интересов.
— ч. 1 ст. 219 КАС РФ

Вывод. Риски управляемы: при отказе доплатить орган может вернуть заявление без рассмотрения, но уплаченная пошлина в этом случае подлежит возврату (подп. 7 п. 1 ст. 333.40 НК РФ), и её сумма не утрачивается. Чтобы не пропустить возможность защиты, действия органа следует обжаловать (досудебная жалоба, затем суд) в пределах трёхмесячного срока со дня, когда стало известно о нарушении права.