В графе "Итоговая отметка" по каждому учебному предмету, указанному в пункте 5 настоящего Порядка, проставляется отметка, которая определяется как среднее арифметическое годовой отметки выпускника и отметки, полученной им на государственной итоговой аттестации (далее - ГИА) по соответствующему учебному предмету, с точностью до сотых единицы и применением правил математического округления.
— Порядок заполнения, учета и выдачи аттестатов об основном общем и среднем общем образовании, утвержденный приказом Министерства просвещения Российской Федерации от 5 октября 2020 г. N 546 (с изменениями от 22 мая 2023 г.), п. 45
Таким образом, отметка за пересдачу полностью заменяет первоначальную экзаменационную отметку для целей расчета среднего арифметического. Отметка «2» за первый экзамен не участвует в расчете, так как не является результатом ГИА, засчитываемым для выдачи аттестата (после пересдачи он аннулируется).
Срок действия документа ограничен 1 января 2027 года. Приказ Минпросвещения России от 22.05.2023 N 385 "О внесении изменения в пункт 45 Порядка заполнения, учета и выдачи аттестатов об основном общем и среднем общем образовании и их дубликатов, утвержденного приказом Министерства просвещения Российской Федерации от 5 октября 2020 г. N 546"
— Порядок заполнения, учета и выдачи аттестатов об основном общем и среднем общем образовании, утвержденный приказом Министерства просвещения Российской Федерации (преамбула приказа N 385)
В вашем случае математическое округление 3,5 даёт 4. Если бы в правилах школы или региональном акте было предусмотрено иное правило (например, округление только в пользу ученика по усмотрению педсовета), это не ухудшило бы положение — отметка всё равно была бы «4». Однако, по умолчанию следует руководствоваться прямым предписанием пункта 45.
Конкретная норма о том, что пересдача заменяет первоначальный результат для цел расчета итоговой отметки, в предоставленном контексте не содержится, но это прямо вытекает из логики ГИА: при пересдаче фиксируется новый результат, и именно он является отметкой, полученной на экзамене. Для полной уверенности следует обратиться к Процедуре проведения ГИА по образовательным программам основного общего образования (приказ Минпросвещения и Рособрнадзора), который регулирует порядок пересдачи и фиксации её результатов.