"Иностранные граждане, временно пребывающие в Российской Федерации, а равно постоянно или временно проживающие в Российской Федерации, при нахождении в месте пребывания, не являющемся их местом жительства, подлежат постановке на учет по месту пребывания, за исключением случаев, предусмотренных частью 6 статьи 20 Федерального закона. Уведомление о прибытии иностранного гражданина в место пребывания представляется в территориальный орган Министерства внутренних дел Российской Федерации принимающей стороной или непосредственно указанным иностранным гражданином в случаях, предусмотренных Федеральным законом"
— Постановление Правительства РФ от 15.01.2007 № 9 «О порядке осуществления миграционного учета иностранных граждан и лиц без гражданства в Российской Федерации», п. 20
Эта норма возлагает на гостиницу как на принимающую сторону обязанность подать уведомление — она обязана сделать это сама, а не за дополнительную плату. Услуга по регистрации входит в стандарт обслуживания, и требование доплаты 500 рублей является навязыванием платной услуги, что нарушает ваши права. Вы имеете полное право отказаться от доплаты и потребовать исполнения обязанности бесплатно.
Теперь перейдём ко второму комплексному вопросу — о возможности иметь две временные регистрации и последствиях для регистрации в Москве. Ваше право на свободу передвижения и постановку на учёт в любом месте пребывания закреплено в законе, и нахождение в Москве по временной регистрации не препятствует регистрации в Санкт-Петербурге.
"Иностранные граждане имеют право на свободу передвижения в личных или деловых целях в пределах Российской Федерации на основании документов, выданных или оформленных им в соответствии с настоящим Федеральным законом, за исключением посещения территорий, организаций и объектов, для въезда на которые в соответствии с федеральными законами требуется специальное разрешение"
— Федеральный закон от 25.07.2002 № 115-ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации», ст. 11, ч. 1
Эта статья даёт вам право свободно перемещаться и, соответственно, пребывать в разных местах. При поездке в Санкт-Петербург на 3 дня вы обязаны встать на учёт по месту пребывания там (через гостиницу). Однако, вопреки возможным опасениям, постановка на учёт по новому месту пребывания не аннулирует вашу предыдущую временную регистрацию в Москве, если срок её действия ещё не истёк. В отношении иностранных граждан снятие с учёта по прежнему месту пребывания происходит либо по заявлению, либо по истечении заявленного срока, либо при выезде из РФ — но не автоматически при постановке на учёт в новом месте. В вашем Контексте из НПА нет прямой нормы, устанавливающей аннулирование предыдущей регистрации при постановке на учёт в другом месте, — такая норма отсутствует, и в правоприменительной практике она не применяется.
Теперь о судьбе регистрации в Москве после возвращения. Поскольку ваша регистрация в Москве остаётся в силе на весь заявленный срок, после возвращения из Санкт-Петербурга вы продолжаете считаться состоящим на учёте в Москве. Вам не нужно заново подавать уведомление о прибытии в Москву, так как вы с неё не снимались. Гостиница в Санкт-Петербурге, поставив вас на учёт на 3 дня, обязана снять вас с учёта по истечении этого срока (автоматически, без вашего участия), и это никак не повлияет на ваш московский учёт.
Итог: доплата незаконна, две регистрации возможны одновременно, и московская регистрация не аннулируется.