Статья 26. Въезд в Российскую Федерацию иностранному гражданину или лицу без гражданства может быть не разрешен в случае, если иностранный гражданин или лицо без гражданства: 1) в пункте пропуска через Государственную границу Российской Федерации нарушили правила пересечения Государственной границы Российской Федерации, таможенные правила, санитарные нормы, - до устранения нарушения;
— Федеральный закон от 15.08.1996 № 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию», ст. 26
Применительно к вашей ситуации это означает, что при повторном пересечении границы (выезд и последующий въезд) пограничные органы могут выявить отсутствие штампа при предыдущем въезде. Если данное действие будет расценено как нарушение правил пересечения границы, то вам может быть не разрешён въезд до тех пор, пока это нарушение не будет устранено (например, путём получения соответствующей отметки). Однако на практике проставление штампа задним числом невозможно, поэтому неразрешение въезда станет реальным риском.
Кроме того, непрохождение регистрационного учёта по месту пребывания (постановка на учёт в РКЛ) и, в определённой степени, отсутствие штампа могут образовывать состав административного правонарушения, предусмотренного Кодексом Российской Федерации об административных правонарушениях.
Статья 18.8. Нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства правил въезда в Российскую Федерацию либо режима пребывания (проживания) в Российской Федерации ... 1. Нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства правил въезда в Российскую Федерацию либо режима пребывания (проживания) в Российской Федерации, за исключением случаев, предусмотренных статьей 18.1 настоящего Кодекса, выразившееся в нарушении установленных правил въезда в Российскую Федерацию, в нарушении правил миграционного учета, передвижения или порядка выбора места пребывания или жительства, транзитного проезда через территорию Российской Федерации, в неисполнении обязанностей по уведомлению о ...
— Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях, ст. 18.8
Из содержания статьи следует, что как нарушение правил въезда (отсутствие отметки), так и нарушение правил миграционного учёта (непостановка на учёт по месту пребывания) являются самостоятельными основаниями для привлечения к административной ответственности. Если сотрудники органов внутренних дел или пограничной службы установят эти факты, вам может грозить штраф (возможно, с выдворением). При этом сам факт привлечения к ответственности (даже однократный) не влечёт автоматического внесения в реестр контролируемых лиц или запрета на въезд — для неразрешения въезда по этому основанию требуется неоднократное (два и более раза в течение трёх лет) привлечение к административной ответственности, что следует из того же пункта 4 статьи 26 Федерального закона № 114-ФЗ (цитата выше в тексте). Однако повторное пересечение границы сейчас может спровоцировать выявление нарушения и составление протокола, что создаст предпосылки для будущих ограничений.
Что касается реестра контролируемых лиц — в представленном контексте норм, регулирующих данный реестр (например, статьи Федерального закона № 115-ФЗ о миграционном учёте), не содержится. По общему правилу, включение в такой реестр обычно связано с вынесением решения о неразрешении въезда, депортации или административном выдворении. Если по итогам рассмотрения вашей ситуации будет принято одно из таких решений, то вы рискуете попасть в реестр. В отсутствие же каких-либо решений на текущий момент вероятность внесения в реестр только из‑за отсутствия штампа при первом въезде низка, однако после повторного пересечения границы и возможного привлечения к ответственности она возрастает. Для более точного ответа необходимо обратиться к положениям Федерального закона «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации» (в частности, к статье 29.1), которые не были приведены в контексте, но регулируют порядок ведения реестра контролируемых лиц.