"Патентная система налогообложения устанавливается настоящим Кодексом, вводится в действие в соответствии с настоящим Кодексом законами субъектов Российской Федерации и применяется на территориях указанных субъектов Российской Федерации, если иное не предусмотрено настоящим пунктом."
— Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая), ст. 346.43
Для Москвы деятельность по ПСН введена и регулируется Законом г. Москвы, поэтому предприниматель вправе приобрести патент именно в Москве, а не по месту жительства (Санкт-Петербурге). Однако требование налогового органа подавать заявление только по месту жительства не соответствует порядку, установленному статьей 346.45 НК РФ. Эта норма является специальной и детально регулирует ситуацию, когда ИП планирует работать в регионе, отличном от места его жительства. В силу прямого указания закона, если предприниматель намеревается вести деятельность на основе патента в субъекте РФ, где он не состоит на учете по месту жительства, заявление подается в любой территориальный налоговый орган этого субъекта по его выбору.
"В случае, если индивидуальный предприниматель планирует осуществлять предпринимательскую деятельность на основе патента в субъекте Российской Федерации, в котором не состоит на учете в налоговом органе по месту жительства или в качестве налогоплательщика, применяющего патентную систему налогообложения, указанное заявление подается в любой территориальный налоговый орган этого субъекта Российской Федерации по выбору индивидуального предпринимателя."
— Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая), ст. 346.45
Применительно к вашим фактам: зарегистрированный в Санкт-Петербурге индивидуальный предприниматель не состоит на учете в Москве (ни по месту жительства, ни как налогоплательщик ПСН в Москве). Следовательно, он вправе подать заявление на патент в любой налоговый орган города Москвы, а не только по месту жительства. Настаивание налогового органа на подаче заявления исключительно в Санкт-Петербурге является ошибочным, так как такая подача предусмотрена лишь для патентов в регионе по месту жительства.
Данный вывод подтверждается положениями о постановке на учет. После подачи заявления в московский налоговый орган именно этот орган осуществит постановку на учет предпринимателя как налогоплательщика ПСН. В описанной ситуации не возникает случая, предусмотренного абзацем третьим пункта 2 статьи 346.45 НК РФ (когда патент выдается налоговым органом по месту жительства), так как деятельность планируется в другом субъекте.
"Постановка на учет индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика, применяющего патентную систему налогообложения, осуществляется налоговым органом, в который он обратился с заявлением на получение патента, на основании указанного заявления в течение пяти дней со дня его получения. В случае, предусмотренном абзацем третьим пункта 2 статьи 346.45 настоящего Кодекса, индивидуальный предприниматель подлежит постановке на учет в качестве налогоплательщика, применяющего патентную систему налогообложения, в налоговом органе по месту его жительства со дня государственной регистрации этого физического лица в качестве индивидуального предпринимателя."
— Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая), ст. 346.46
Таким образом, в данной ситуации норма ст. 346.45 НК РФ (специальная) имеет приоритет перед общим правилом о подаче заявления по месту жительства. Индивидуальному предпринимателю необходимо подать заявление на получение патента в любой налоговый орган Москвы по своему выбору. При этом вид деятельности, который он планирует вести, должен быть включен в перечень, установленный законом города Москвы о ПСН (п. 2 ст. 346.43 НК РФ). Если такой вид деятельности в Москве отсутствует, патент получить не удастся, и потребуется рассматривать иные режимы налогообложения.
