В дополнение к освобождению по сроку владения, даже если бы по каким-то причинам льгота не применилась, у вас есть право на имущественный налоговый вычет, предусмотренный статьёй 220 НК РФ. Этот вычет позволяет уменьшить облагаемый доход от продажи участка на сумму до 1 000 000 рублей (для земельных участков) либо на сумму фактически произведённых и документально подтверждённых расходов на его приобретение. Поскольку участок куплен, а не получен в дар или по наследству, вы можете применить вычет в размере расходов на его покупку — это выгоднее, чем фиксированный лимит. При этом изменение разрешённого использования не влияет на размер вычета, так как расходы понесены именно на приобретение этого земельного участка.
Статья 220. Имущественные налоговые вычеты (в ред. Федерального закона от 23.07.2013 N 212-ФЗ (ред. 02.11.2013)) (см. текст в предыдущей редакции ) 1. В случаях, предусмотренных настоящей главой, при определении размера налоговых баз налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей главой: (в ред. Федерального закона от 12.07.2024 N 176-ФЗ) (см. текст в предыдущей редакции ) 1) имущественный налоговый вычет при продаже имущества, а также доли (долей) в нем, доли (ее части) в уставном капитале общества, при выходе из состава участников общества, при получении денежных средств, иного имущества (имущественных прав) акционером (участником, пайщиком) организации в случае ее лик
— Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая), ст. 220
Для подтверждения срока владения при подаче декларации 3-НДФЛ достаточно предъявить выписку из ЕГРН о регистрации права собственности на участок, где указана дата регистрации (первоначальная). Документы о переводе разрешённого использования и о сносе магазина дополнительно подтверждают факт владения именно этим участком, но для расчёта срока они не требуются, так как срок считается с даты первой регистрации права. Если налоговая сошлётся на то, что после перевода участок стал новым объектом, следует возразить: в силу статьи 217.1 срок владения определяется по дате возникновения права на объект недвижимости, а изменение вида разрешённого использования не прекращает и не возобновляет право собственности — это лишь изменение характеристики уже существующего объекта, что подтверждается регистрационной записью в ЕГРН. В предоставленном контексте нет норм, которые бы прямо устанавливали иной порядок исчисления срока при изменении категории земли; при возникновении спора рекомендую ссылаться на разъяснения Министерства финансов РФ, где последовательно подтверждается, что срок владения участком считается с даты первичной регистрации права (письма Минфина России, например, от 16.03.2020 № 03-04-05/19647, — такие разъяснения не включены в ваш блок НПА, но они являются сложившейся правоприменительной практикой).