Налоговая декларация представляется не позднее 30 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом , если иное не предусмотрено статьей 227.1 настоящего Кодекса.
2. Лица, на которых не возложена обязанность представлять налоговую декларацию, вправе представить такую декларацию в налоговый орган по месту жительства.
— Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая), ст. 229
Статья 220 НК РФ закрепляет право налогоплательщика на имущественный налоговый вычет при продаже имущества. В вашей ситуации вы продали автомобиль за 900 000 руб., при этом расходы на его приобретение составили 1 200 000 руб. В соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 вы вправе уменьшить доход от продажи на сумму фактически произведённых и документально подтверждённых расходов, связанных с приобретением этого имущества. Применение этого вычета приводит к тому, что налоговая база равна нулю (900 000 – 1 200 000 = –300 000, то есть доход не превышает расход), и налог к уплате отсутствует. Именно этот механизм вы и отразили в поданной декларации, что полностью соответствует закону. Налоговый орган, предлагая вам подать новую декларацию на возврат процентов по ипотеке, фактически не отменяет ваше право на имущественный вычет по продаже авто — это два самостоятельных вычета, которые могут быть заявлены в разных декларациях. Исчезновение первой декларации не влечёт её юридического аннулирования; факт её подачи подтверждается квитанцией о приёме (при наличии) или данными из личного кабинета. Для восстановления информации вам следует обратиться в налоговый орган с запросом о предоставлении сведений о статусе поданной декларации или повторно направить её в электронном виде.
имущественный налоговый вычет при продаже имущества, а также доли (долей) в нем, доли (ее части) в уставном капитале общества, при выходе из состава участников общества, при получении денежных средств, иного имущества (имущественных прав) акционером (участником, пайщиком) организации в случае ее лик
— Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая), ст. 220
Таким образом, применимые нормы НК РФ (статьи 228, 229 и 220) подтверждают обоснованность подачи вами первичной декларации с нулевым налогом и ваше право на имущественный вычет в размере расходов на приобретение автомобиля. Предложение налогового органа подать декларацию на возврат процентов по ипотеке не аннулирует автоматически поданную ранее декларацию — такие действия не предусмотрены законодательством, а исчезновение декларации из личного кабинета скорее свидетельствует о технической ошибке или завершении камеральной проверки (например, после проверки декларация может быть переведена в архив). Для подтверждения факта подачи первой декларации и восстановления контроля над ней вам следует запросить у налогового органа информацию о её статусе через личный кабинет (например, через форму обратной связи) или подать новую декларацию с теми же данными по продаже авто, если первая действительно не была принята.