Теперь о возможности привлечения к ответственности в виде штрафа. Статья 113 Налогового кодекса РФ устанавливает трёхлетний срок давности привлечения к ответственности за налоговое правонарушение. Правонарушение в виде применения НПД при наличии агентского договора было совершено вами в марте 2025 года (заключение договора), и налоговый период по НПД — месяц, то есть окончание периода — март 2025. Соответственно, трёхлетний срок отсчитывается с 1 апреля 2025 года (следующий день после окончания налогового периода, в котором совершено правонарушение). Выявление нарушения в 2027 году происходит в пределах этого срока (до апреля 2028 года), поэтому налоговая вправе привлечь вас к ответственности за неправомерное применение НПД в марте 2025 года. Однако сам штраф может быть наложен только на тот период, в котором было допущено нарушение, то есть на март 2025 года. Штраф за последующие месяцы (апрель–август 2025) также возможен, но если вы продолжали применять НПД при наличии агентского договора весь этот период, то каждое налоговое правонарушение (за каждый месяц) является самостоятельным, и срок давности по каждому из них исчисляется отдельно (по апрель 2025 — с мая 2025 и т.д.). Поскольку проверка началась в 2027 году, срок давности по последним месяцам (август 2025) ещё не истёк (истекает в сентябре 2028). Таким образом, штраф может быть наложен за весь период март–август 2025.
- Лицо не может быть привлечено к ответственности за совершение налогового правонарушения, если со дня его совершения либо со следующего дня после окончания налогового (расчётного) периода, в течение которого было совершено это правонарушение, и до момента вынесения решения о привлечении к ответственности истекли три года (срок давности).
— Налоговый кодекс Российской Федерации (часть первая), ст. 113
Что касается пеней — они начисляются на сумму недоимки за каждый день просрочки. Под недоимкой в данном случае понимается разница между налогом, который вы должны были уплатить при общем режиме, и налогом, фактически уплаченным в рамках НПД (который отменяется). Пени начисляются с даты, когда обязанность по уплате налога должна была быть исполнена. Для общего режима (например, УСН, если вы применяли её, или НДФЛ с предпринимательской деятельности) сроки уплаты установлены НК РФ. Если отмена НПД происходит в 2027 году, то недоимка по общему режиму возникает за период март–август 2025 года. Следовательно, пени будут начисляться за каждый день просрочки, начиная с установленных сроков уплаты налогов за 2025 год (например, для УСН — 25 апреля, 25 июля, 25 октября 2025 года и 30 апреля 2026 года) и до даты фактического погашения недоимки (или до вынесения решения). При этом период с сентября 2025 года по март 2027 года в эту недоимку не входит, так как вы уже применяли АУСН и налоги за этот период уплачивались по другому режиму, и отмена НПД не создаёт недоимки за эти месяцы. Таким образом, пени будут начислены за период просрочки по налогам общего режима за 2025 год, но не за весь период до 2027 года — только до момента уплаты (или до даты, когда недоимка будет зафиксирована).
Статья 75 НК РФ устанавливает, что пеня начисляется за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате налогов начиная со дня возникновения недоимки по день исполнения совокупной обязанности (п. 3). Пеня определяется в процентах от суммы недоимки, для ИП — 1/300 ключевой ставки ЦБ РФ (п. 4).
— Налоговый кодекс Российской Федерации (часть первая), ст. 75
В контексте представленных норм отсутствуют положения, прямо регулирующие последствия отмены специального режима при переходе на другой режим. В силу общих принципов налогового права каждый налоговый режим применяется самостоятельно к соответствующим периодам. Поэтому налоговая не может распространить последствия отмены НПД на период действия АУСН. Для более детального урегулирования вопроса о порядке пересчёта налогов при отмене НПД и взаимодействии с последующим режимом следует обратиться к ст. 54 НК РФ (исправление ошибок), а также к разъяснениям ФНС, которые могут содержаться в письмах Минфина. Однако в вашем случае, исходя из имеющихся норм, отмена НПД ограничивается периодом его фактического применения (март–август 2025) и не влечёт пересмотр налогов за период АУСН.