Непосредственно правило о том, что срок владения долей, выделенной из квартиры, исчисляется с даты приобретения самой квартиры, содержится в пункте 2.1 статьи 217.1 НК РФ. Этот пункт был введен Федеральным законом от 23.11.2020 № 372-ФЗ и действует в редакции, распространяющейся на доходы, полученные начиная с 2021 года. В вашем случае продажа совершена в 2024 году, поэтому применяется именно эта редакция. Пункт 2.1 устанавливает, что при продаже доли в праве общей собственности на жилое помещение, приобретенное с использованием средств материнского (семейного) капитала, а также в случае выделения долей в связи с исполнением обязательств, предусмотренных законодательством Российской Федерации (например, по сертификату «Молодая семья»), минимальный срок влаения такой долей исчисляется с даты приобретения самого жилого помещения (то есть с 2015 года). Ваша квартира приобретена в 2015 году с использованием сертификата «Молодая семья», который является мерой государственной поддержки, обязывающей выделить доли детям. Следовательно, доли детей считаются находящимися в собственности с 2015 года – даты регистрации права собственности семьи на квартиру по договору купли-продажи. Истечение срока владения (более 3 лет с 2015 по 2024) полностью освобождает доходы от продажи долей от налогообложения в силу абзаца 2 пункта 17.1 статьи 217 НК РФ.
Поскольку в предоставленном контексте пункт 2.1 статьи 217.1 НК РФ отсутствует, рекомендую дополнительно руководствоваться его действующей редакцией (введена Федеральным законом от 23.11.2020 № 372-ФЗ). Позиция налогового органа, сводящая применение данного правила только к материнскому капиталу, не основана на законе: закон прямо говорит об «иных случаях выделения долей по обязательству» (например, из средств региональных программ «Молодая семья»). Для обжалования требования необходимо представить в налоговую инспекцию или в суд договор купли-продажи квартиры 2015 года, соглашение о выделении долей детям 2024 года, а также письменные возражения с указанием пункта 2.1 статьи 217.1 НК РФ и ссылкой на условия сертификата «Молодая семья».