Часть 1.1 той же статьи специально оговаривает случай признания военнослужащего умершим (погибшим) судом. Она перечисляет категории членов семьи, имеющих приоритетное право на получение мер социальной поддержки: супруга, а при её отсутствии — совершеннолетние дети, законные представители несовершеннолетних детей и т.д. В ситуации с вами, если у погибшего нет супруги, вы как мать подпадаете под эту категорию. Но и эта норма не регулирует вопрос территориальной подсудности военкомата.
"1.1. В случае гибели (смерти) военнослужащего в период прохождения военной службы по контракту, признания его безвестно отсутствующим или объявления его умершим супруга (супруг), при ее (его) отсутствии проживавшие совместно с указанным военнослужащим совершеннолетние дети, законные представители (опекуны, попечители) либо усыновители несовершеннолетних детей (инвалидов с детства н"
— Федеральный закон от 27.05.1998 № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих», ст. 24
Приведённые нормы из предоставленного контекста НПА не содержат прямого указания на то, в какой именно военный комиссариат (по месту жительства погибшего или по месту жительства заявителя) необходимо подавать заявление о выплатах. Вместе с тем, общая логика воинского учёта и практика назначения единовременных пособий (в частности, на основании ведомственных приказов Минобороны, которые не входят в предоставленный контекст) предполагают, что заявление подаётся в военкомат по последнему месту жительства погибшего до призыва (в вашем случае — военкомат города Магадана). Именное в том военкомате, где сын состоял на учёте, хранятся его личное дело и все сведения о прохождении службы, необходимые для расчёта выплат.
Поскольку вы проживаете в Московской области, вы можете обратиться в местный военкомат по своему месту жительства. Однако этот военкомат, скорее всего, не сможет самостоятельно принять решение о назначении выплат без запроса личного дела из Магадана. Наиболее эффективным будет направить заявление непосредственно в военный комиссариат по месту жительства погибшего (в Магадан) — почтой с описью вложения или через портал «Госуслуги» (если технически возможна подача в региональный военкомат). В заявлении нужно указать, что вы проживаете в Московской области, и попросить перечислять средства на ваш банковский счёт.
Дополнительно: норма Федерального закона от 15.12.2001 № 166-ФЗ «О государственном пенсионном обеспечении», которая содержится в контексте, регулирует назначение пенсий по инвалидности военнослужащим, а не выплаты в связи с гибелью, поэтому она не применима к вашей ситуации. Пенсия по случаю потери кормильца военнослужащим назначается по правилам, установленным в Федеральном законе «О государственном пенсионном обеспечении» (статья 8 в части, не вошедшей в предоставленный контекст), но для её оформления также потребуется обращение в пенсионный орган по месту жительства — однако этот вопрос выходит за рамки непосредственно заданного о военкомате.