Поскольку максимальное наказание по части 3 статьи 158 УК РФ составляет шесть лет — а это более пяти лет, — деяние действительно относится к категории тяжких. Следовательно, довод следователя о тяжком характере преступления формально верен: кража из домовладения (из жилища) попадает именно под этот квалифицирующий признак. Вменяемая статья конкретизирует:
Часть 3 предусматривает кражу с незаконным проникновением в жилище, наказываемую лишением свободы до шести лет, что в соответствии со ст. 15 УК РФ относится к тяжким преступлениям.
— Уголовный кодекс Российской Федерации, ст. 158
Тем самым первая часть вашего вопроса получает исчерпывающий ответ: да, кража из домовладения (с проникновением в жилище) является тяжким преступлением, и следователь в этом прав. Однако из этого вытекает ключевое ограничение для применения примирения сторон как механизма прекращения дела. Статья 76 УК РФ устанавливает возможность освобождения от уголовной ответственности только за преступления небольшой или средней тяжести, а часть 3 статьи 158 к таковым не относится:
Лицо, впервые совершившее преступление небольшой или средней тяжести, может быть освобождено от уголовной ответственности, если оно примирилось с потерпевшим и загладило причиненный потерпевшему вред.
— Уголовный кодекс Российской Федерации, ст. 76
Поскольку ваше преступление тяжкое, статья 76 УК РФ напрямую неприменима, и следователь обоснованно отказывает в прекращении дела по данному основанию. Соответственно, и статья 25 УПК РФ, которая дублирует это условие для процессуальной процедуры, также не может быть использована — она отсылает именно к статье 76 УК РФ и ограничена теми же категориями преступлений:
Суд, а также следователь с согласия руководителя следственного органа или дознаватель с согласия прокурора вправе на основании заявления потерпевшего или его законного представителя прекратить уголовное дело в отношении лица, подозреваемого или обвиняемого в совершении преступления небольшой или средней тяжести, в случаях, предусмотренных статьей 76 Уголовного кодекса Российской Федерации, если это лицо примирилось с потерпевшим и загладило причиненный ему вред.
— Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации, ст. 25
Таким образом, процедура примирения сторон через статью 25 УПК РФ для тяжкого преступления (кражи из домовладения по ч. 3 ст. 158 УК РФ) невозможна, и отказавшись прекратить дело, следователь действует в рамках закона. Однако это не означает, что уголовное преследование обязательно приведет к обвинительному приговору. Общий принцип прекращения дела зафиксирован в статье 212 УПК РФ, которая предписывает прекращать дело при наличии оснований, указанных в статьях 24–28.2 УПК РФ:
Уголовное дело и уголовное преследование прекращаются при наличии оснований, предусмотренных статьями 24 - 28.2 настоящего Кодекса.
— Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации, ст. 212
Среди этих статей для вашей ситуации помимо статьи 25 (неприменима) есть, например, статья 27 (отсутствие состава преступления), что маловероятно, или статья 28 (деятельное раскаяние), но она также по общему правилу ограничена преступлениями небольшой и средней тяжести; для тяжких преступлений она может применяться только в случаях, специально указанных в примечаниях к статьям Особенной части УК РФ — у статьи 158 УК РФ таких примечаний нет. Статья 25.1 УПК РФ (прекращение с назначением судебного штрафа) также применима лишь к преступлениям небольшой или средней тяжести. Следовательно, примирение сторон само по себе, даже при полном возмещении ущерба и отсутствии претензий, не дает законного основания для прекращения дела на стадии следствия. Вам и потерпевшей стороне остается рассчитывать на то, что при рассмотрении дела в суде факт примирения, полного заглаживания вреда и отсутствия претензий будет признан исключительным смягчающим обстоятельством (п. «к» ч. 1 ст. 61 УК РФ), что может повлиять на назначение наказания — вплоть до условного срока. Кроме того, если в действиях виновного не будет установлено квалифицирующего признака «проникновение в жилище» (например, если домовладение не признано жилищем в судебном порядке, а кража произошла из хозяйственной постройки), возможно переквалификация на часть 2 или часть 1 статьи 158 УК РФ — то есть на преступление средней или небольшой тяжести, после чего примирение по ст. 25 УПК РФ станет законным и следователь будет обязан его рассмотреть. В противном случае, при нежелании сторон «пострадать», вам стоит подготовить ходатайство о прекращении дела в суде с приведением всех обстоятельств примирения — хотя суд и не обязан его удовлетворять при тяжкой категории, практика знает случаи прекращения за примирением в порядке ст. 25 УПК РФ вследствие судебной ошибки или изменения квалификации, но это исключение, а не правило.