Именно на этом этапе — после возвращения — военно-врачебная комиссия могла признать его негодным к военной службе, что влечёт увольнение. Статья 51 того же закона закрепляет такое основание для увольнения как признание не годным к военной службе по состоянию здоровья.
"Военнослужащий подлежит увольнению с военной службы: ... в) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе, за исключением военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, указанного в пункте 2.1 статьи 36 настоящего Федерального закона, изъявившего желание продолжить военную службу на воинской должности, которая может замещаться указанным военнослужащим; г) по состоянию здоровья - в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе военнослужащего, проходящего военную службу по контракту на воинской должности, для которой штатом предусмотрено воинское звание до старшины или главного корабельного старшины включительно, за исключением военнослу"
— Федеральный закон от 28.03.1998 № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», ст. 51
Если он был признан не годным (категория «Д»), то увольнение обязательно, и дальнейшая служба невозможна. Если ограниченно годным («В» или «Г»), то для занимаемой должности (с воинским званием до старшины) также возможно увольнение, но для других должностей может быть продолжение службы. В данном случае, вероятно, комиссия вынесла категорию, исключающую службу.
Наличие непогашенной судимости за тяжкое преступление (изнасилование при рецидиве) само по себе не является основанием для прекращения уже действующего контракта, если на момент его заключения препятствий не было. Судимость учитывается в случаях, установленных федеральными законами, но статья 86 УК РФ не содержит прямого запрета на продолжение службы после подписания контракта, особенно если лицо уже служило. Однако судимость могла повлиять на решение о заключении нового контракта (если предыдущий истёк), но в данной ситуации он вернулся и его «не берут» — значит, либо контракт расторгнут, либо ему отказывают в заключении нового именно по здоровью.
"Лицо, осужденное за совершение преступления, считается судимым со дня вступления обвинительного приговора суда в законную силу до момента погашения или снятия судимости. Судимость в соответствии с настоящим Кодексом учитывается при рецидиве преступлений, назначении наказания и влечет за собой иные правовые последствия в случаях и в порядке, которые установлены федеральными законами. ... Судимость погашается: ... г) в отношении лиц, осужденных к лишению свободы за тяжкие преступления, - по истечении восьми лет после отбытия наказания;"
— Уголовный кодекс Российской Федерации от 13.06.1996 № 63-ФЗ, ст. 86
Поскольку он освобождён условно-досрочно год-два назад, судимость ещё не погашена (8 лет для тяжких преступлений), но это не мешало подписанию контракта в период мобилизации, когда действовали упрощённые правила (вероятно, на основании актов Президента, не указанных в контексте). Однако после возвращения ссылка на «негодность по здоровью» выглядит более обоснованной, чем на судимость, так как судимость была известна при заключении контракта.
Наконец, военнослужащий вправе обжаловать решение военно-врачебной комиссии или отказ в заключении нового контракта. Статья 21 Федерального закона «О статусе военнослужащих» гарантирует такое право.
"Военнослужащие имеют право на защиту своих прав и законных интересов путем обращения в суд в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации. ... Неправомерные решения и действия (бездействие) органов военного управления и командиров могут быть обжалованы военнослужащими в порядке, предусмотренном федеральными законами, общевоинскими уставами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации."
— Федеральный закон от 27.05.1998 № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих», ст. 21
Если отказ в призыве (продолжении службы) основан на ошибочном медицинском заключении, он может требовать повторного освидетельствования независимой ВВК или обратиться в суд. Ссылка на «статью» (судимость) в данном случае маловероятна, так как контракт уже был заключён и исполнен. Наиболее вероятная причина — ухудшение здоровья, что подтверждается нормами ст. 51 53-ФЗ.