В контексте ваших фактических обстоятельств — вы мобилизованный, проходите службу по мобилизации, а не по контракту, поэтому оговорка про военнослужащих по контракту, изъявивших желание продолжить службу, к вам не применяется. Заключение ВВК о негодности является безусловным основанием для увольнения. Командир не вправе требовать ожидания — вы уже подлежите увольнению с даты, когда ВВК установила непригодность. Если приказ не издан в разумный срок (обычно это несколько недель, максимум месяц, хотя точный срок не установлен, но затягивание может быть обжаловано), вы вправе обратиться в военную прокуратуру или суд. Срок для обжалования бездействия — 3 месяца с момента, когда вы узнали о нарушении права, то есть с даты заключения ВВК.
Теперь относительно уголовного дела. Статья 337 УК РФ описывает составы преступления, которое вы предположительно совершили, но она не содержит указаний на прекращение дела по причине увольнения. Поэтому необходимо обратиться к нормам УПК РФ. В силу пункта 2 части 1 статьи 24 УПК РФ, уголовное дело подлежит прекращению при отсутствии в деянии состава преступления. Ключевой вопрос: является ли признание непригодным к службе обстоятельством, исключающим состав преступления по ст. 337 УК РФ? Само по себе — нет, так как на момент самовольного оставления части вы были военнослужащим и состав был полностью сформирован. Однако если после возвращения вы были признаны непригодным с обратной силой (например, заболевание существовало на момент ухода и объективно препятствовало службе), следователь может прийти к выводу об отсутствии состава — но это исключительный случай, требующий экспертизы. Обычно увольнение по здоровью не «аннулирует» прошлое преступление.
Статья 24. Основания отказа в возбуждении уголовного дела или прекращения уголовного дела 1. Уголовное дело не может быть возбуждено, а возбужденное уголовное дело подлежит прекращению по следующим основаниям: ... 2) отсутствие в деянии состава преступления;
— Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации, ст. 24
Более перспективным является статья 80.1 УК РФ, которая предусматривает освобождение от наказания лица, впервые совершившего преступление небольшой или средней тяжести, если вследствие изменения обстановки это лицо или совершенное им преступление перестали быть общественно опасными. Ваше деяние (самовольное оставление части в период мобилизации) квалифицируется по ч. 2.1 или 3.1 ст. 337 УК РФ — это преступление небольшой или средней тяжести, и вы впервые привлекаетесь к уголовной ответственности (как следует из вопроса). Изменение обстановки здесь может быть признано: после прохождения ВВК вы стали негодным к службе, утратили статус военнослужащего в перспективе, и ваше присутствие вне части более не образует общественной опасности для воинских правоотношений, так как вы уже не подлежите призыву. Следователь или суд вправе применить эту норму и прекратить уголовное дело (или уголовное преследование), но это не автоматическое последствие — требуется ходатайство или собственное усмотрение органа. Если такое решение не принято, вы вправе заявить соответствующее ходатайство следователю или в суд.
Лицо, впервые совершившее преступление небольшой или средней тяжести, освобождается судом от наказания, если будет установлено, что вследствие изменения обстановки это лицо или совершенное им преступление перестали быть общественно опасными.
— Уголовный кодекс Российской Федерации, ст. 80.1
Статья 27 УПК РФ также не даёт прямого основания прекратить дело именно по факту увольнения или признания непригодным. Пункт 2 этой статьи отсылает к пунктам 1–6 статьи 24, которые мы уже рассмотрели. Другие основания (амнистия, непричастность, истечение сроков давности) к вашей ситуации не подходят. Следовательно, основная надежда на прекращение дела — либо по п. 2 ч. 1 ст. 24 УПК РФ (отсутствие состава — маловероятно без экспертизы на момент ухода), либо по ст. 80.1 УК РФ (освобождение от наказания в связи с изменением обстановки — более реалистично), либо по амнистии, если таковая будет объявлена.
Отдельно отмечу, что примечание к статье 338 УК РФ (дезертирство) здесь неприменимо, так как оно требует для освобождения от ответственности стечения тяжелых обстоятельств, что не следует из ваших фактов — самовольный уход без цели уклонения по ст. 337 не является дезертирством. Если же следствие переквалифицирует дело на ст. 338, то указанное примечание может быть вами использовано, но только при доказанности стечения тяжелых обстоятельств (например, крайняя необходимость или угроза жизни).
Статья 338. Дезертирство ... Примечание. Военнослужащий, впервые совершивший дезертирство, предусмотренное частью первой настоящей статьи, может быть освобожден от уголовной ответственности, если дезертирство явилось следствием стечения тяжелых обстоятельств.
— Уголовный кодекс Российской Федерации, ст. 338
Таким образом, обязанность уволить вас возникает с даты заключения ВВК, приказ должен быть издан без необоснованной задержки (обычно в течение месяца, хотя закон прямо не устанавливает срок — это пробел, который восполняется разумностью и судебной практикой). Уголовное дело не прекращается автоматически вместе с увольнением; необходимо либо доказать отсутствие состава преступления на момент деяния, либо добиться применения ст. 80.1 УК РФ по решению следователя или суда. До издания приказа об увольнении ваше уголовное преследование может продолжаться, и признание непригодным к службе само по себе не является основанием для его прекращения, но может стать основанием для освобождения от наказания.