Из цитированного фрагмента следует, что ч. 2 ст. 158 УК РФ не входит в число исключений, а значит, гипотетически подпадает под действие данной нормы. Однако фактическое применение потребует, чтобы подсудимый (или его защитник) обратился в суд с соответствующим ходатайством, представив доказательства заключения контракта с Министерством обороны. Суд, удостоверившись в наличии всех условий (в том числе факта заключения контракта именно в период мобилизации или военного положения), вправе прекратить уголовное дело или уголовное преследование на основании пункта 3 части 1 статьи 24 УПК РФ (в связи с отсутствием оснований уголовной ответственности в силу нового закона) либо по аналогии с механизмом, установленным для иных освобождающих оснований. Конкретная процессуальная процедура прекращения дела в суде применительно к ст. 78.1 УК РФ в предоставленном контексте не детализирована, но по общему правилу суд выносит постановление о прекращении уголовного дела или уголовного преследования, если ходатайство заявлено до удаления суда в совещательную комнату для постановления приговора.
Что касается Федерального закона № 61-ФЗ от 23.03.2024, упомянутого в вопросе, его содержание в представленном контексте отсутствует (приведён лишь фрагмент статьи 1 Федерального закона «Об обороне» 1996 года, который не относится к рассматриваемым вопросам). Поэтому можно лишь предположить, что данный закон мог вносить сопутствующие изменения в Уголовно-процессуальный кодекс, регламентирующие порядок прекращения дела в суде при заключении контракта, но для точного анализа необходимо обращаться к полному тексту этого акта.
Иные нормы из предоставленного контекста (ст. 82.1 УК РФ, ст. 25.1, 28.1, 239.1 УПК РФ, а также статьи 1 Федерального закона № 64-ФЗ и статьи 1 Федерального закона № 61-ФЗ) не регулируют основания освобождения от ответственности в связи с военной службой и не влияют на ответ по существу. Таким образом, нормативный анализ показывает, что заключение контракта с Минобороны лицом, дело которого передано в суд, принципиально возможно на основании ст. 78.1 УК РФ, при условии, что контракт заключается в период мобилизации (военного положения или военное время), а обвинение по ч. 2 ст. 158 УК РФ не входит в исключения, перечисленные в этой статье.