Пункт 50 того же Положения устанавливает общую обязанность граждан состоять на воинском учете по месту жительства или месту пребывания, в том числе не подтвержденному регистрацией. Вы не имеете регистрации по месту жительства в Санкт-Петербурге, но фактически проживаете там и трудитесь. Для постановки на воинский учет в такой ситуации необходимо представить в военкомат заявление по установленной форме и сведения о себе. Утеря отметки о снятии с учета в 2018 году не является препятствием для выполнения этой обязанности: военкомат при постановке на спецучёт самостоятельно проверяет ваши предыдущие учётные данные через Реестр воинского учёта либо делает запрос в военкомат города Никольское. Вам достаточно будет подтвердить факт вашего проживания в Санкт-Петербурге (например, договор найма, справка с места работы) и предъявить документы о службе в МВД.
Граждане, подлежащие воинскому учету, обязаны: а) состоять на воинском учете по месту жительства или месту пребывания, в том числе не подтвержденным регистрацией по месту жительства и (или) месту пребывания, в военном комиссариате... При этом граждане, не имеющие регистрации по месту жительства и месту пребывания, а также граждане, прибывшие на место пребывания на срок более 3 месяцев и не имеющие регистрации по месту пребывания, для постановки на воинский учет представляют заявление по форме согласно приложению N 3 и сведения по форме, предусмотренной приложением N 2 к настоящему Положению.
— Положение о воинском учете, утвержденное постановлением Правительства РФ от 27 ноября 2006 г. № 719, пункт 50
Статья 10 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» возлагает на граждан обязанность явиться в военный комиссариат в двухнедельный срок со дня наступления событий — в вашем случае со дня возвращения в Российскую Федерацию и поступления на службу в МВД. Поскольку вы уже фактически проживаете в Санкт-Петербурге и именно там должны проходить специальный воинский учет, явку следует осуществить в военкомат по месту вашего жительства. Двухнедельный срок исчисляется с момента, когда вы начали проживать в Санкт-Петербурге (после возвращения из-за границы) и приступили к службе.
...сообщить ... сведения о переезде на новое место пребывания, не подтвержденные регистрацией, либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию либо явиться в военный комиссариат в двухнедельный срок со дня наступления указанных событий
— Федеральный закон от 28 марта 1998 г. № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», статья 10, пункт 1
Пункт 1.2 статьи 8 этого же закона предусматривает, что постановка на воинский учет, снятие с учета и внесение изменений в документы воинского учета могут осуществляться без личной явки граждан в военный комиссариат. В вашей ситуации это означает, что военкомат Санкт-Петербурга вправе самостоятельно (по вашему заявлению или даже на основании сведений от кадровой службы МВД) произвести постановку на спецучёт, направив межведомственный запрос в военкомат города Никольское для подтверждения снятия с учета. Однако для ускорения процесса и минимизации рисков рекомендуется явиться лично, имея при себе паспорт, военный билет (при наличии) и документы, подтверждающие службу в МВД.
1.2. Постановка на воинский учет, снятие с воинского учета и внесение изменений в документы воинского учета граждан, обязанных состоять на воинском учете, осуществляются путем внесения сведений о них в Реестр воинского учета. Постановка на воинский учет, снятие с воинского учета и внесение изменений в документы воинского учета граждан, обязанных состоять на воинском учете, могут осуществляться без личной явки граждан в военный комиссариат.
— Федеральный закон от 28 марта 1998 г. № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», статья 8, пункты 1.1, 1.2
Наконец, пункт 39 Положения о воинском учете подтверждает, что воинский учет граждан по месту их пребывания (на срок более 3 месяцев), в том числе не подтвержденному регистрацией, осуществляется военными комиссариатами. Ваше проживание в Санкт-Петербурге носит длительный характер (вы работаете и живете там), что подпадает под это правило. Таким образом, обращение именно в военкомат по вашему фактическому месту жительства является законным и достаточным.
Воинский учет граждан по месту их пребывания (на срок более 3 месяцев), в том числе не подтвержденному регистрацией по месту пребывания, или месту прохождения альтернативной гражданской службы осуществляется военными комиссариатами и органами местного самоуправления в порядке, определяемом Министерством обороны Российской Федерации.
— Положение о воинском учете, утвержденное постановлением Правительства РФ от 27 ноября 2006 г. № 719, пункт 39