Что касается перевода (направления) в другой регион, то здесь применяется статья 44 Федерального закона от 28.03.1998 № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе». Она устанавливает, что военнослужащие могут быть переведены для дальнейшего прохождения службы между различными органами, где предусмотрена военная служба, в порядке, определённом Положением о порядке прохождения военной службы. При этом сама статья 44 не содержит ограничения, что перевод возможен только при наличии в контракте фиксированного места службы. Напротив, она даёт командованию право инициировать такой перевод в соответствии с установленными процедурами. В вашей ситуации, поскольку контракт не закрепляет конкретный регион, у вас не будет оснований отказаться от перевода, ссылаясь на согласованное условие контракта — его просто нет. Единственным ограничением может быть требование соблюдения установленного порядка перевода (например, уведомление, согласование по определённым категориям военнослужащих), но сам факт произвольного изменения места службы при формулировке «по указанию командования» признаётся законным, если не нарушены процедуры Положения.
Военнослужащие в порядке, определенном Положением о порядке прохождения военной службы, могут быть переведены для дальнейшего прохождения военной службы: из Вооруженных Сил Российской Федерации в федеральный орган исполнительной власти или федеральный государственный орган, в которых настоящим Федеральным законом предусмотрена военная служба; из федерального органа исполнительной власти или федерального государственного органа, в которых настоящим Федеральным законом предусмотрена военная служба, в Вооруженные Силы Российской Федерации; из одного федерального органа исполнительной власти или федерального государственного органа, в которых настоящим Федеральным законом предусмотрена военная служба, в другой федеральный орган исполнительной власти или
— Федеральный закон от 28.03.1998 № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», ст. 44
Таким образом, требование о заключении дополнительного соглашения, фиксирующего место службы (Москва и область), не предусмотрено законом в качестве обязательного, но вы вправе его предложить. Однако командование не обязано его подписывать, и отказ не будет нарушением ваших прав, поскольку действующее законодательство не требует фиксации конкретного региона в контракте. Если вы хотите обезопасить себя от перевода в другой регион, единственный надёжный способ — добиться внесения такого условия в контракт до его подписания или в качестве дополнительного соглашения. Без этого ваше согласие на службу «по указанию командования» будет означать, что вы заранее принимаете любые изменения места службы в пределах компетенции командования.