Пункт 2 статьи 50 того же закона прямо указывает, что военнослужащие увольняются с военной службы в запас, за исключением некоторых категорий. В вашей ситуации — вы мужчина, отчисленный из военной образовательной организации, и вам, вероятно, уже исполнилось 18 лет. Следовательно, вы подпадаете под общее правило: при отчислении вы увольняетесь в запас с постановкой на воинский учёт. Это означает, что вы не остаётесь на военной службе, а переходите в запас. При этом пункт 3 этой же статьи устанавливает, что постановка на учёт производится для всех увольняемых, кроме женщин без военно-учётной специальности. Таким образом, ваше отчисление влечёт именно увольнение в запас, а не какой-либо иной статус.
"Статья 50. Общие положения увольнения с военной службы
- Военнослужащие увольняются с военной службы в запас (за исключением военнослужащих, указанных в подпунктах "б" - "д" пункта 3 настоящей статьи, и военнослужащих мужского пола, отчисленных из военных профессиональных образовательных организаций и военных образовательных организаций высшего образования, не достигших возраста 18 лет)...
- Военнослужащие увольняются с военной службы с постановкой на воинский учет, за исключением военнослужащих: ... б) женского пола, отчисленных из военных профессиональных образовательных организаций и военных образовательных организаций высшего образования и не имеющих военно-учетной специальности; ..."
— Федеральный закон от 28.03.1998 № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», ст. 50
В контексте предоставленных норм отсутствует норма, прямо предусматривающая обязанность возместить средства, затраченные на обучение и содержание курсанта при отчислении по собственному желанию. Однако в вашем контракте такое условие содержится, и оно может быть законным, если основано на подзаконных актах (например, постановлениях Правительства), которых в данном отрывке нет. Поэтому я не могу проанализировать его по существу, но обращаю внимание, что в приведённом блоке эта норма не отражена, и для её оценки необходимо обращаться к другим источникам.
Что касается угрозы командира об отправке в зону СВО после отчисления, то в контексте нет ни одной нормы, которая увязывала бы отчисление курсанта с немедленным призывом и направлением в зону боевых действий. Статья 50 говорит лишь об увольнении в запас, а не о призыве. Призыв граждан из запаса возможен только в случаях, прямо установленных законом (мобилизация, военное время), но в предоставленном отрывке норм о мобилизации или призыве офицеров запаса нет. Следовательно, угрозы командира не находят подтверждения в анализируемых нормах. Если такие действия будут предприняты, вы вправе их оспорить.
Для защиты от незаконных действий должностных лиц (включая командира) Федеральный закон не даёт прямых норм, но Кодекс административного судопроизводства РФ предусматривает механизм. Статья 218 КАС РФ позволяет гражданину обратиться в суд с административным иском об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти или должностного лица. Вы можете обжаловать как решение об отчислении (если оно будет принято с нарушением порядка), так и конкретные указания или угрозы командира, если они не основаны на законе. Это ваш основной процессуальный инструмент.
"Статья 218. Предъявление административного искового заявления об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями, должностного лица, государственного или муниципального служащего и рассмотрение административного дела по предъявленному административному исковому заявлению 1. Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий ( бездействия ) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменационной комиссии)"
— Кодекс административного судопроизводства Российской Федерации от 8 марта 2015 г. № 21-ФЗ, ст. 218
Таким образом, наличие статуса «офицера запаса» после отчисления само по себе не влечёт немедленной отправки в зону СВО — призыв из запаса возможен лишь при наступлении особых условий, которые в предоставленном контексте не раскрыты. Ваши опасения по поводу отправки не подтверждаются проанализированными нормами, а угрозы командира, не подкреплённые законом, могут быть оспорены в суде.