Рассмотрим конкретные условия вашей ситуации. Статья 20 не устанавливает, что ВПД обязательно должен быть выписан только из места учёбы или предыдущей дислокации. Право на проезд «в связи с переводом на новое место военной службы» возникает у военнослужащего независимо от того, где он фактически пребывает — в пункте постоянной дислокации части, в отпуске или в месте обучения. Вы сейчас находитесь в Липецке (отпуск), и ваш маршрут к месту службы начинается именно оттуда. Формально вы имеете право следовать из Липецка, но для реализации этого права необходимо, чтобы ВПД был оформлен на фактический пункт отправления. Отказ военкомата Краснодара изменить маршрут мотивирован тем, что «ВПД выписан под Краснодар», однако это техническая проблема оформления, а не отсутствие у вас права на проезд из другого города. Закон не содержит запрета на следование с иного пункта, если он обусловлен уважительными причинами (нахождение в отпуске после училища). Отсутствие в контексте нормы, регламентирующей порядок замены ВПД, указывает на то, что этот вопрос относится к подзаконному регулированию.
Что касается рапорта: вы правильно предположили, что для оформления проезда с альтернативного пункта отправления требуется подача рапорта. Статья 20 не говорит о рапортах, но, как правило, процедура изменения маршрута или переоформления ВПД включает подачу рапорта командиру воинской части (или начальнику военного комиссариата по месту нахождения), в котором необходимо обосновать причину (окончание училища, предоставленный отпуск, фактическое нахождение в Липецке) и указать новый маршрут. В вашем случае рапорт следует адресовать командованию по новому месту службы (куда вы следуете) или, возможно, в военный комиссариат по месту отпуска (Липецк). Закон не требует, чтобы ВПД выписывался именно по месту учёбы — он должен оформляться по месту фактического убытия. Таким образом, ст. 20 гарантирует вам право на проезд, но механизм его реализации (замена ВПД по рапорту) раскрывается в ведомственных актах, не приведённых в данном контексте. Для точного ответа о процедуре необходимо обратиться к приказам Министерства обороны, регулирующим воинские перевозки (например, Порядок выдачи и учёта воинских перевозочных документов). В рамках имеющихся норм можно констатировать: ваше право на проезд из Липецка законно, но для его осуществления требуется внесение изменений в ВПД на основании рапорта, и отказ военкомата Краснодара сам по себе не отменяет этого права, а лишь свидетельствует о необходимости обратиться за новым ВПД по месту вашего нахождения (Липецк).