Применительно к вашей ситуации принципиальное значение имеют нормы Дисциплинарного устава Вооружённых Сил РФ, регулирующие порядок рассмотрения обращений и жалоб военнослужащих. В силу статьи 107 этого Устава должностные лица воинской части, получив ваше обращение (рапорт), обязаны рассмотреть его и, признав обоснованным, немедленно принять меры для удовлетворения просьбы. Поскольку вы подали два рапорта на выплаты, предусмотренные контрактом, командир воинской части (или иное уполномоченное должностное лицо) должен был оценить их обоснованность и принять решение о производстве выплат либо об отказе с разъяснением причин. Неполучение выплат в течение месяца при отсутствии какого-либо ответа может расцениваться как бездействие, нарушающее ваше право на своевременное получение положенного довольствия.
Статья 107: Должностные лица воинской части обязаны рассмотреть полученное обращение (предложение, заявление или жалобу) и, в случае если оно будет признано обоснованным, немедленно принять меры для выполнения предложения или удовлетворения просьбы подавшего обращение.
— Дисциплинарный устав Вооруженных Сил Российской Федерации, ст. 107
Статья 108 Дисциплинарного устава прямо предоставляет военнослужащему право обжаловать незаконные действия (или бездействие) командира, а также нарушение установленных законом прав и свобод, в частности неудовлетворение положенными видами довольствия. Такая жалоба подаётся непосредственному командиру того лица, действия которого обжалуются, а если вы не знаете, по чьей именно вине нарушены ваши права, — по команде. В вашем случае, если после подачи рапортов прошёл месяц, а выплаты не произведены и ответ не получен, вы вправе подать жалобу на бездействие должностных лиц воинской части в порядке подчинённости — например, командиру воинской части, а если он сам бездействует — вышестоящему командиру. Это досудебный порядок урегулирования спора, обязательность которого, однако, не исключает последующего обращения в суд.
Статья 108: Военнослужащий подает жалобу на незаконные в отношении его действия (бездействие) командира (начальника) или других военнослужащих, нарушение установленных законами Российской Федерации прав и свобод, неудовлетворение его положенными видами довольствия непосредственному командиру (начальнику) того лица, действия которого обжалует, а если заявляющий жалобу не знает, по чьей вине нарушены его права, жалоба подается по команде.
— Дисциплинарный устав Вооруженных Сил Российской Федерации, ст. 108
Если досудебное обжалование по команде не приведёт к восстановлению ваших прав, вы вправе обратиться в суд в порядке административного судопроизводства. Статья 218 Кодекса административного судопроизводства РФ даёт гражданину возможность оспорить решения, действия (бездействие) органа государственной власти, иного органа, организации, наделённых публичными полномочиями, а также должностного лица. Командование воинской части, а также само Министерство обороны РФ выступают именно как органы, осуществляющие публичные полномочия в сфере военной службы, в том числе по начислению и выплате денежного довольствия. Бездействие, выразившееся в нерассмотрении ваших рапортов и невыплате причитающихся сумм в разумный срок, может быть признано незаконным, и суд вправе обязать командование произвести выплаты. При этом важно соблюсти срок подачи административного иска — три месяца со дня, когда вы узнали о нарушении своих прав (ст. 219 КАС РФ), который в вашей ситуации, вероятно, ещё не истёк, но исчисляется с момента, когда выплаты должны были быть произведены, а не с даты подачи рапорта.
Статья 218. Предъявление административного искового заявления об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями, должностного лица, государственного или муниципального служащего и рассмотрение административного дела по предъявленному административному исковому заявлению
- Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменаци
— Кодекс административного судопроизводства Российской Федерации от 8 марта 2015 г. № 21-ФЗ, ст. 218