Статья 51. Основания увольнения с военной службы 1. Военнослужащий подлежит увольнению с военной службы: …в) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе, за исключением военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, указанного в пункте 2.1 статьи 36 настоящего Федерального закона, изъявившего желание продолжить военную службу на воинской должности, которая может замещаться указанным военнослужащим; г) по состоянию здоровья - в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годн[ым к военной службе]…
— Федеральный закон от 28.03.1998 № 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе", ст. 51
Для того чтобы инициировать процедуру освидетельствования, военнослужащий по контракту имеет право быть зачисленным в распоряжение командира. Это прямо предусмотрено пунктом 2 статьи 13 Указа Президента РФ «Вопросы прохождения военной службы». Зачисление в распоряжение допускается при освобождении от должности (в том числе по состоянию здоровья) на срок до трёх месяцев. Этого времени достаточно для направления на ВВК, получения заключения и последующего увольнения. В вашей ситуации вы вправе подать рапорт о направлении на ВВК, и командир обязан принять меры для освидетельствования, включая возможное зачисление в распоряжение.
Статья 13. Порядок зачисления в распоряжение командира (начальника) …2. Зачисление военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, в распоряжение командира (начальника) допускается в следующих случаях и на следующие сроки: а) в случае освобождения от воинской должности (должности) - не более чем на три месяца…
— Указ Президента РФ от 16.09.1999 № 1237 "Вопросы прохождения военной службы", ст. 13
Непосредственно сама квалификация вашего состояния в Расписании болезней, утвёрждённом Постановлением Правительства РФ № 565, должна проводиться по статьям раздела «Последствия травм, отравлений и других воздействий внешних факторов». Хотя в предоставленном контексте приведены лишь фрагменты таблиц для статей 78 и 80 (касающихся дефектов костей черепа), по аналогии с иными телесными повреждениями, состояние после удаления части кишечника с наложением колостомы должно рассматриваться по другой статье этого же раздела (вероятно, по статье 83 или 84, которые не были включены в выдержку). Поскольку травма получена в период службы, это также влияет на формулировку причины увольнения («в связи с военной травмой»), что даёт право на дополнительные льготы. Однако сам факт необходимости постоянного ношения калоприемника с высокой вероятностью свидетельствует о значительном нарушении функции — категория «Д» (не годен), что является безусловным основанием для увольнения по пункту «в» статьи 51 Федерального закона № 53-ФЗ. Если же комиссия установит только умеренное нарушение, то возможна категория «В» (ограниченно годен), что для контрактников также позволяет уволиться, как указано выше. В любом случае вам необходимо пройти ВВК, приложив выписку из истории болезни, и настаивать на применении той статьи Расписания, которая предусматривает оценку «не годен» при наличии неустранимой стомы.