Поскольку ваше заключение ВВК указывает на нарушение функции стопы, необходимо обратиться к нормам Положения о военно-врачебной экспертизе. Контекст содержит статью 81 этого Положения, но она посвящена последствиям переломов позвоночника, костей туловища, верхних и нижних конечностей. Ваша ситуация — ампутация пальцев стопы, а не перелом, поэтому эта статья напрямую не применима. Однако она демонстрирует общий подход: оценка нарушения функций делится на степени (значительное, умеренное и т.д.), и для каждой степени устанавливается категория годности. Для ампутации пальцев стопы релевантными являются статьи Расписания болезней, которые в данном контексте не приведены. В частности, в Расписании болезней (глава 13) есть статьи, посвящённые отсутствию пальцев на стопе: обычно отсутствие первого пальца или двух пальцев стопы (включая первый) при значительном нарушении функции стопы даёт категорию «Д» (не годен). Отсутствие двух пальцев без нарушения функции может давать категорию «В» (ограниченно годен). Поскольку в вашем заключении указано нарушение функции стопы (хромота, невозможность нагрузки), это указывает на значительное нарушение, что должно соответствовать категории «Д». Отсутствие в контексте конкретных статей Расписания болезней не позволяет сделать окончательный вывод, но вы можете требовать ссылки на соответствующий пункт приложения к Положению №565.
а) со значительным нарушением функций Д Д Д; б) с умеренным нарушением функций...
— Положение о военно-врачебной экспертизе, утвержденное постановлением Правительства Российской Федерации от 4 июля 2013 г. № 565, ст. 81
Что касается порядка обжалования отказа командира или заключения ВВК, Кодекс административного судопроизводства предоставляет вам право обратиться в суд. В силу статьи 218 КАС РФ вы можете подать административное исковое заявление об оспаривании решения командира, который отказывается направить документы на увольнение, или самого заключения ВВК, если считаете его неправильным. При этом досудебное обжалование вышестоящему должностному лицу также возможно, но не обязательно.
Статья 218 КАС РФ устанавливает право гражданина обратиться в суд с административным исковым заявлением об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, должностного лица, если полагает, что нарушены его права, свободы и законные интересы, созданы препятствия к их осуществлению или незаконно возложены обязанности. Также предусмотрена возможность досудебного обжалования в вышестоящий орган или вышестоящему лицу.
— Кодекс административного судопроизводства Российской Федерации от 8 марта 2015 г. № 21-ФЗ, ст. 218
Если суд признает оспариваемое решение незаконным, он может обязать ответчика устранить нарушение ваших прав. Статья 227 КАС РФ прямо указывает на такой исход: суд признает решение незаконным, если оно не соответствует нормативным правовым актам и нарушает ваши права, и обязывает командира или ВВК принять новое решение.
Статья 227 КАС РФ регулирует порядок принятия решения судом по административному делу об оспаривании решения, действия (бездействия) органа, организации, лица, наделенных государственными или иными публичными полномочиями. В частности, суд может признать оспариваемое решение незаконным, если оно не соответствует нормативным правовым актам и нарушает права административного истца, и обязать ответчика устранить нарушения. Это применимо к обжалованию решения командира или заключения ВВК.
— Кодекс административного судопроизводства Российской Федерации от 8 марта 2015 г. № 21-ФЗ, ст. 227
Таким образом, вы можете ссылаться на ст. 51 ФЗ-53 как на обязанность уволить вас при признании негодным, а на ст. 218 и 227 КАС РФ — как на инструмент обжалования отказа. Однако для подтверждения категории «Д» необходимо найти конкретную норму Расписания болезней, которая в вашем случае квалифицирует ампутацию первого и второго пальцев стопы с нарушением функции как категорию «Д». Поскольку эта норма в предоставленном контексте отсутствует, рекомендую обратиться к полному тексту Расписания болезней (Приложение к Положению №565), где в статье, например, 86 «Отсутствие, деформации, дефекты стопы…» или аналогичной, указано, что отсутствие двух пальцев стопы (включая первый) при значительном нарушении функции стопы является основанием для категории «Д».