То обстоятельство, что ваше заболевание признано связанным с исполнением обязанностей военной службы, не создаёт самостоятельного основания для увольнения, но имеет правовое значение при определении льгот и гарантий после увольнения (например, при получении единовременного пособия, страховых выплат, санаторно-курортного лечения). Само же увольнение по категории «В» производится на общих основаниях, предусмотренных статьёй 51 закона. Следовательно, связь заболевания с исполнением обязанностей не препятствует увольнению, а лишь добавляет прав на дополнительные социальные гарантии, но не меняет самой процедуры расторжения контракта.
Порядок увольнения военнослужащих с зачислением в запас регулируется статьёй 34 Положения о порядке прохождения военной службы, утверждённого Указом Президента РФ. В силу этой нормы военнослужащие, уволенные по состоянию здоровья с категорией «В» (ограниченно годные), подлежат увольнению в запас, а не в отставку (отставка предусмотрена только для признанных не годными – категория «Д»). В вашей ситуации, если вы не достигли предельного возраста пребывания в запасе, вас должны уволить именно в запас.
Увольнение военнослужащих с военной службы в соответствии с Федеральным законом производится: а) в запас (за исключением военнослужащих, указанных в абзацах третьем - шестом подпункта "б" настоящего пункта, и военнослужащих мужского пола, отчисленных из военно-учебных заведений, не достигших возраста 18 лет), а военнослужащих, достигших к моменту увольнения с военной службы предельного возраста пребывания в запасе или признанных не годными к военной службе по состоянию здоровья, - в отставку;
— Положение о порядке прохождения военной службы (утв. Указом Президента РФ), ст.34
Вы также ссылаетесь на Указ Президента РФ от апреля 2025 года. Данный акт в предоставленном контексте нормативных правовых актов отсутствует, поэтому я не могу его применить при анализе. Если такой указ действительно принят и вносит изменения в указы по вопросам военной службы, он может уточнять порядок увольнения по категории «В» с синей печатью, но даже без него у вас уже есть прямое законное основание для увольнения по подпункту «г» пункта 1 статьи 51 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе». Рекомендую проверить его текст и, при необходимости, ссылаться на него дополнительно, однако базовое основание содержится в уже процитированной норме.
Что касается ваших действий при отказе командования: поскольку увольнение по состоянию здоровья с категорией «В» является обязанностью военнослужащего (он подлежит увольнению), а не правом, отказ командира, мотивированный ссылками на внутренние приказы, которые не могут противоречить федеральному закону, незаконен. Вы вправе подать рапорт с требованием увольнения, приложив к нему заключение ВВК. В случае отказа вы можете обжаловать бездействие или отказ командира в порядке подчинённости вышестоящему должностному лицу, в военную прокуратуру или в военный суд. Срок обжалования — до трёх месяцев с момента, когда вы узнали о нарушении права. Также рекомендую зафиксировать отказ в письменной форме (вручение рапорта через секретариат или с отметкой на копии).