Федеральным законом "О денежном довольствии военнослужащих и предоставлении им отдельных выплат", иными федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации, нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации, нормативными правовыми актами федеральных органов исполнительной власти и нормативными правовыми актами иных федеральных государственных органов военнослужащим одновременно с денежным довольствием устанавливаются отдельные выплаты с учетом выполняемых ими задач, а также условий и порядка прохождения ими военной службы.
— Федеральный закон от 27.05.1998 № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих», ст. 13
Дополнительные социальные гарантии для тех, кто выполняет задачи в условиях вооружённых конфликтов, установлены специальной нормой того же закона. Отметка в удостоверении является первичным документом, подтверждающим участие в таком конфликте, а значит — предпосылкой для предоставления всех последующих гарантий. Командир, отказывая в проставлении отметки, фактически блокирует доступ военнослужащего к этим гарантиям, что прямо нарушает предписание закона о необходимости их предоставления. То, что часть находится в зоне боевых действий, не освобождает от этой обязанности — напротив, делает её ещё более актуальной, так как военнослужащий несёт службу непосредственно в зоне конфликта.
Военнослужащим, постоянно или временно выполняющим задачи в условиях чрезвычайного положения и при вооруженных конфликтах, предоставляются дополнительные социальные гарантии и компенсации, установленные федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации.
— Федеральный закон от 27.05.1998 № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих», ст. 25
Если командир уклоняется от оформления отметки, его бездействие может быть квалифицировано как неправомерное. Статья 21 того же закона предоставляет военнослужащему право обжаловать такие действия (бездействие) в суд. При этом в силу прямого указания закона обжалование осуществляется в порядке, установленном федеральными законами и общевоинскими уставами. Полуторамесячное бездействие командира (отказ и отсутствие движения документов) — это именно то обстоятельство, которое даёт право на судебную защиту.
Военнослужащие имеют право на защиту своих прав и законных интересов путем обращения в суд в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации. […] Неправомерные решения и действия (бездействие) органов военного управления и командиров могут быть обжалованы военнослужащими в порядке, предусмотренном федеральными законами, общевоинскими уставами и настоящим Федеральным законом.
— Федеральный закон от 27.05.1998 № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих», ст. 21
Для судебного обжалования бездействия командира конкретный механизм закреплён в Кодексе административного судопроизводства РФ. Военнослужащий вправе подать административное исковое заявление об оспаривании бездействия должностного лица — в данном случае командира части, который не проставляет отметку в удостоверении. Суд проверит, соответствует ли отказ закону и не нарушает ли он права заявителя на получение выплат.
Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменационной комиссии), должностного лица, государственного или муниципального служащего, если полагают, что нарушены или оспорены их права, свободы и законные интересы, созданы препятствия к осуществлению их прав, свобод и реализации законных интересов или на них незаконно возложены какие-либо обязанности.
— Кодекс административного судопроизводства Российской Федерации, ст. 218
Что касается действий военкомата, который отказывает в выплатах из-за отсутствия отметки, то здесь возможно применение порядка обжалования решений, предусмотренного Федеральным законом «О воинской обязанности и военной службе». Право на обжалование решения об отказе в выплате (а такой отказ является решением, затрагивающим права военнослужащего) установлено статьёй 35.1 этого закона. Жалоба может быть подана в досудебном порядке в вышестоящую призывную комиссию или в суд. При этом закон устанавливает довольно короткие сроки рассмотрения такой жалобы, что необходимо учитывать.
Правом на обжалование отдельных решений, принимаемых в соответствии с настоящим Федеральным законом, обладает гражданин, состоящий на воинском учете или не состоящий, но обязанный состоять на воинском учете, в отношении которого приняты решения, указанные в пункте 4 статьи 35.2 настоящего Федерального закона. […] Решения, указанные в пункте 4 статьи 35.2 настоящего Федерального закона, могут быть обжалованы в досудебном порядке или в суд.
— Федеральный закон от 28.03.1998 № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», ст. 35.1
Кратко резюмируя: из приведённых в контексте норм не следует, что проставление отметки возможно исключительно после возвращения в пункт постоянной дислокации на территории РФ. Напротив, обязанность документировать участие в боевых действиях лежит на командире, и он должен её исполнить по месту нахождения части, независимо от того, где эта часть дислоцирована. Отказ блокирует реализацию прав, гарантированных ст. 13 и ст. 25 76-ФЗ, и может быть обжалован как в порядке ст. 21 76-ФЗ (через суд по КАС РФ), так и в досудебном порядке по ст. 35.1—35.5 53-ФЗ (применительно к решению военкомата). Специальная норма, прямо предписывающая место проставления отметки, в приведённом блоке НПА отсутствует — её следует искать в ведомственных актах Министерства обороны РФ (например, в Инструкции о порядке оформления удостоверений ветерана боевых действий).