- Военнослужащий подлежит увольнению с военной службы:
...
в) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе, за исключением военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, указанного в пункте 6(1) статьи 11 настоящего Положения, изъявившего желание продолжить военную службу на воинской должности, которая может замещаться этим военнослужащим ( подпункт "в" пункта 1 статьи 51 Федерального закона);
г) по состоянию здоровья - в связи с признанием военно-врачебной комиссией огр
— Указ Президента РФ от 16.09.1999 № 1237 «Положение о порядке прохождения военной службы», ст. 34
Что касается сроков рассмотрения ходатайства в центральных органах военного управления, то в предоставленных нормативных актах (53-ФЗ и Положение) такие сроки прямо не установлены. В них определяется лишь основание и общий порядок увольнения, но не регламентируется длительность этапа согласования в Москве. Поскольку конкретная норма отсутствует, следует предположить, что разумный срок должен определяться ведомственными актами Минобороны России (например, Руководством по оформлению документов), и в случае его превышения бездействие может быть признано незаконным.
Для защиты своих прав и ускорения процесса вы можете использовать механизм административного судопроизводства. В соответствии со статьёй 218 Кодекса административного судопроизводства РФ, вы вправе обратиться в суд с административным исковым заявлением об оспаривании бездействия должностных лиц (в данном случае — непринятия решения по вашему ходатайству). Двухмесячное ожидание без ответа, особенно при наличии всех необходимых документов, может расцениваться как незаконное бездействие.
- Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменаци...
— Кодекс административного судопроизводства Российской Федерации от 08.03.2015 № 21-ФЗ, ст. 218
Статья 219 КАС РФ устанавливает срок для подачи такого иска — три месяца со дня, когда гражданину стало известно о нарушении его прав. Поскольку прошло два месяца с момента направления ходатайства, этот срок не пропущен. Бездействие является длящимся, поэтому вы можете обратиться в суд в любой момент, пока оно продолжается, но в пределах общего трёхмесячного срока с момента, когда вы осознали, что разумный срок превышен.
- Если настоящим Кодексом не установлены иные сроки обращения с административным исковым заявлением в суд, административное исковое заявление может быть подано в суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации, иному лицу стало известно о нарушении их прав, свобод и законных интересов.
1.1. Если настоящим Кодексом или другим федеральным законом не установлено иное, административное исковое заявление об оспаривании бездействия органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа либо организации, наделенной отдельными государственными или иными публичными полномочиями, должностного лица, государственного или муниципального служащего может быть подано в суд в течение срока, в рамка...
— Кодекс административного судопроизводства Российской Федерации от 08.03.2015 № 21-ФЗ, ст. 219
Таким образом, ваше право на увольнение прямо предусмотрено законом, а затягивание процесса может быть обжаловано в судебном порядке.