В данной ситуации собственник квартиры (Вы) задаётся вопросом о возможности принудительного прекращения регистрации по месту жительства (постоянной регистрации) своей дальней родственницы, которая обладает видом на жительство (ВНЖ) и была зарегистрирована в данной квартире. Ключевой аспект — это конфликт между правом собственника свободно распоряжаться своим имуществом и правом гражданина (иностранного лица) на пользование жилым помещением, основанным на регистрации.
Юридически значимые обстоятельства: Вы являетесь собственником жилого помещения. Ваша родственница — не член Вашей семьи (судя по формулировке «дальняя родственница»), а постороннее для Вас лицо, которое не имеет права собственности на данную квартиру. Она имеет ВНЖ, что даёт ей право на постоянное проживание в Российской Федерации, но не предоставляет автоматического права на пользование конкретным жильём без Вашего согласия. Её регистрация в Вашей квартире, вероятно, осуществлялась ранее с Вашего согласия (или согласия предыдущего собственника). Сейчас, когда Вы как собственник возражаете против её проживания, её регистрация фактически перестаёт соответствовать Вашей воле.
В основе спора лежат жилищные и административные правоотношения, связанные с регистрационным учётом. Правоотношения по регистрации носят уведомительный, а не разрешительный характер — сама по себе регистрация не создаёт права пользования жильём. Однако она является юридическим фактом, позволяющим родственнице проживать в квартире. Для снятия её с регистрационного учёта в добровольном порядке требуется либо её добровольное согласие (волеизъявление) и обращение в органы МВД, либо, при отсутствии такового, судебное решение, которое установит факт утраты ею права пользования жилым помещением.
Что касается второго вопроса — об автоматическом переходе регистрации с ВНЖ на паспорт гражданина РФ при получении гражданства: здесь затрагиваются два разных правовых статуса человека. Регистрация по месту жительства сама по себе не «привязывается» к конкретному документу, удостоверяющему личность (ВНЖ или паспорт). Однако при смене статуса с обладателя ВНЖ на гражданина РФ происходит прекращение действия прежнего документа. Для того чтобы регистрация была юридически корректной с точки зрения учёта, человеку необходимо в установленный срок после получения паспорта гражданина РФ пройти процедуру перерегистрации (отметки в паспорте). Автоматического переноса регистрации из ВНЖ в паспорт РФ законом не предусмотрено, хотя в некоторых случаях факт проживания может быть подтверждён и без новой отметки (но только в судебном порядке или при наличии доказательств постоянного проживания).