Из представленного контекста видно, что закон не предписывает нотариально заверять именно решение о крупной сделке. Требование заказчика о нотариальном заверении основано, по‑видимому, на норме пункта 3 подпункта 3 статьи 67.1 ГК РФ, которая устанавливает общее правило нотариального удостоверения решений общего собрания участников обществ с ограниченной ответственностью. Однако эта норма применяется к решениям общего собрания, принятым несколькими участниками. В вашем же случае в обществе единственный участник. Решения единственного участника регулируются специальной нормой — статьёй 39 Федерального закона № 14-ФЗ, которая устанавливает иной порядок.
В обществе, состоящем из одного участника, решения по вопросам, относящимся к компетенции общего собрания участников общества, принимаются единственным участником общества единолично, оформляются письменно и в случаях, предусмотренных федеральным законом, должны быть подтверждены путем нотариального удостоверения.
— Федеральный закон от 08.02.1998 № 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью», ст. 39
Статья 39 14-ФЗ устанавливает, что нотариальное удостоверение требуется только для решений единственного участника в случаях, прямо предусмотренных федеральным законом. Ни 44-ФЗ, ни ГК РФ, ни Федеральный закон № 14-ФЗ не содержат требования о нотариальном заверении решения о крупной сделке, принимаемого единственным участником. Следовательно, ваше решение, подписанное генеральным директором, могло быть признано надлежащим, если оно подтверждало волю единственного учредителя. Однако здесь возникает другой аспект: в силу статьи 46 Федерального закона № 14-ФЗ принятие решения о согласии на совершение крупной сделки относится к компетенции общего собрания участников (а в вашем случае — единственного участника).
Статья 46. Крупные сделки. 3. Принятие решения о согласии на совершение крупной сделки является компетенцией общего собрания участников общества. ...
— Федеральный закон от 08.02.1998 № 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью», ст. 46
В вашем обществе единственный участник, следовательно, именно он должен принять решение о крупной сделке. Если представленное вами решение было подписано генеральным директором, а не самим участником, это может вызвать сомнения в его действительности, так как генеральный директор, согласно статье 40 14-ФЗ, является единоличным исполнительным органом и совершает сделки от имени общества, но не подменяет собой решение высшего органа.
Статья 40. Единоличный исполнительный орган общества ... 3. Единоличный исполнительный орган общества: 1) без доверенности действует от имени общества, в том числе представляет его интересы и совершает сделки;
— Федеральный закон от 08.02.1998 № 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью», ст. 40
Тем не менее вы указываете, что в типовом уставе №20 (на основании которого действует общество) прописано, что решения принимает генеральный директор. Согласно статье 52 ГК РФ и статье 12 Федерального закона № 14-ФЗ сведения о том, что общество действует на основании типового устава, содержатся в ЕГРЮЛ. Типовой устав №20 утверждён уполномоченным органом и может содержать положения, расширяющие компетенцию генерального директора, в том числе в отношении одобрения крупных сделок.
Статья 52. Учредительные документы юридических лиц ... 2. Юридические лица могут действовать на основании типового устава, утвержденного уполномоченным государственным органом. Сведения о том, что юридическое лицо действует на основании типового устава, утвержденного уполномоченным государственным органом, указываются в едином государственном реестре юридических лиц.
— Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая) от 30.11.1994 № 51-ФЗ, ст. 52
Статья 12. Устав общества 1. Учредительным документом общества является устав общества. Общество действует на основании утвержденного его учредителями (участниками) устава общества либо типового устава... 2. ...сведения о составе и компетенции органов общества...
— Федеральный закон от 08.02.1998 № 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью», ст. 12
Таким образом, если типовой устав №20 действительно относит принятие решений о крупных сделках к полномочиям генерального директора, то представленное вами решение, подписанное директором, является надлежащим. Отсутствие нотариального заверения в таком случае не нарушает закон, поскольку ни статья 39 14-ФЗ, ни статья 67.1 ГК РФ не требуют его при наличии единственного участника или при ином способе подтверждения, предусмотренном уставом. Пункт 3 подпункта 3 статьи 67.1 ГК РФ прямо допускает иной способ подтверждения, нежели нотариальное удостоверение, если он предусмотрен уставом.
Статья 67.1 ГК РФ, пункт 3, подпункт 3: "общества с ограниченной ответственностью путем нотариального удостоверения, если иной способ (подписание протокола всеми участниками или частью участников; с использованием технических средств, позволяющих достоверно установить факт принятия решения; иным способом, не противоречащим закону) не предусмотрен уставом такого общества либо решением общего собрания участников общества, принятым участниками общества единогласно."
— Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая) от 30.11.1994 № 51-ФЗ, ст. 67.1
Следовательно, отклонение заявки по пункту 1 части 12 статьи 48 44-ФЗ со ссылкой на статью 67.1 ГК РФ является неправомерным, если типовой устав №20 действительно предоставляет генеральному директору полномочия на принятие решения о крупной сделке. Вы вправе обжаловать такое решение, указав, что нотариальное заверение не требовалось в силу статьи 39 14-ФЗ и иного способа, предусмотренного типовым уставом. Если же по содержанию типового устава №20 вопрос о крупных сделках остаётся в компетенции единственного участника, то решение должно быть подписано им лично, а не директором, что могло бы стать самостоятельным основанием для отклонения заявки по иным мотивам, однако заказчик сослался именно на отсутствие нотариального заверения, а не на отсутствие полномочий подписавшего лица.