Далее, ст. 9 ТК РФ прямо запрещает включать в трудовой договор условия, которые снижают уровень прав и гарантий работника по сравнению с установленными трудовым законодательством. Условие вашего договора о том, что время в пути не признаётся вахтой, а следовательно, за эти дни не начисляются суточные, ухудшает ваше положение. Вахтовый метод предполагает особый порядок компенсаций, в том числе за дни нахождения в пути к месту работы и обратно, и такие дни должны оплачиваться как часть вахты (или как минимум компенсироваться суточными). Поэтому данное условие договора является недействительным и не подлежит применению — работодатель обязан выплатить вам суточные за 5 и 6 число, когда вы фактически находились в рейсе.
Коллективные договоры, соглашения, трудовые договоры не могут содержать условий, ограничивающих права или снижающих уровень гарантий работников по сравнению с установленными трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права. Если такие условия включены в коллективный договор, соглашение или трудовой договор, то они не подлежат применению.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 9
Теперь о сроках защиты. В силу ст. 392 ТК РФ вы вправе обратиться в суд с иском о взыскании невыплаченных суточных в течение трёх месяцев со дня, когда узнали о нарушении. Поскольку ситуация длящаяся и вы знаете, что за каждый месяц вам не платят за дни в пути, срок следует исчислять отдельно по каждому факту невыплаты. Пропуск срока может стать основанием для отказа в иске, поэтому не затягивайте с обращением.
Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении - в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки или со дня предоставления работнику в связи с его увольнением сведений о трудовой деятельности
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 392
Если ваши требования будут признаны обоснованными, то согласно ст. 395 ТК РФ они подлежат удовлетворению в полном объёме. Суд или инспекция труда обяжут работодателя выплатить вам все недополученные суточные за дни выезда и возвращения, а также, возможно, компенсацию за задержку выплат (ст. 236 ТК РФ, но этой нормы в предоставленном отрывке нет, поэтому только упоминаю как общее правило). В вашей ситуации это означает, что компания обязана пересчитать и доплатить суточные, начиная с первого месяца, когда возникла невыплата.
При признании органом, рассматривающим индивидуальный трудовой спор, денежных требований работника обоснованными они удовлетворяются в полном размере.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 395
Наконец, необходимо отметить, что в приведённом фрагменте нормативной базы отсутствуют специальные нормы о вахтовом методе (ст. 297–302 ТК РФ), которые прямо регулируют выплату надбавки за вахтовый метод и суточных за дни нахождения в пути. В вашем случае эти статьи являются профильными: они устанавливают, что днём выезда на вахту считается день отправления от места нахождения работодателя, и этот день входит в учёт рабочего времени и оплачивается соответствующими компенсациями. Поэтому для полного обоснования вашей позиции следует дополнительно ссылаться на главу 47 ТК РФ (ст. 297–302) и соответствующие подзаконные акты, например, Постановление Госкомтруда СССР № 794/33-82 (в части, не противоречащей ТК РФ).