При увольнении работнику выплачивается денежная компенсация за все неиспользованные отпуска.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст.127
Что касается возможности получить компенсацию вместо отпуска без увольнения, то здесь действуют более строгие ограничения. По общему правилу, замена ежегодного оплачиваемого отпуска денежной компенсацией допускается только в части, превышающей 28 календарных дней. Ваша ситуация такова: за каждый из двух лет вам полагалось по 28 календарных дней основного отпуска (если иное не установлено для вашей должности). Накопленные 40 дней — это, по сути, 28 дней за первый год и 12 дней за второй год, либо пропорционально иная комбинация, но в любом случае ни один из ежегодных отпусков сам по себе не превышает 28 дней. Следовательно, той самой «части, превышающей 28 календарных дней», которая могла бы быть заменена деньгами, в вашем случае не возникает. Вы не можете потребовать компенсацию за эти дни, продолжая работать, поскольку закон разрешает замену только для дней сверх стандартной продолжительности. Замена основного отпуска (28 дней) деньгами в период работы прямо запрещена.
Часть ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, по письменному заявлению работника может быть заменена денежной компенсацией, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом. При суммировании ежегодных оплачиваемых отпусков или перенесении ежегодного оплачиваемого отпуска на следующий рабочий год денежной компенсацией могут быть заменены часть каждого ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, или любое количество дней из этой части.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст.126
Отдельно следует отметить, что непредоставление отпуска в течение двух лет подряд запрещено законом, и работодатель, не соблюдавший график, допустил нарушение ваших прав. Однако эта норма сама по себе не создаёт для вас права на компенсацию в период работы — она лишь констатирует противоправность действий работодателя. Ваше право на компенсацию без увольнения определяется исключительно ст.126 ТК РФ, которая, как разобрано выше, в данной ситуации неприменима, поскольку размер вашего неиспользованного отпуска за каждый год не превышает 28 дней.
Запрещается непредоставление ежегодного оплачиваемого отпуска в течение двух лет подряд, а также непредоставление ежегодного оплачиваемого отпуска работникам в возрасте до восемнадцати лет и работникам, занятым на работах с вредными и (или) опасными условиями труда.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст.124
Таким образом, на первый вопрос — да, при увольнении работодатель обязан выплатить компенсацию за все 40 дней. На второй вопрос — в период работы без увольнения заменить накопленные дни денежной компенсацией нельзя, поскольку ни один из ваших ежегодных отпусков не превышает 28 календарных дней, а замена основной части отпуска законом не допускается.