Конкретная подведомственность судам по таким делам уточняется в статье 391 ТК РФ. В судах рассматриваются споры о неправомерных действиях работодателя, в том числе о компенсации морального вреда. Удержание из зарплаты без законных оснований (вопреки обещанию бесплатного оформления документов) является неправомерным действием, а систематическое нарушение графика работы и порядка предоставления отпуска также образует неправомерное бездействие. Следовательно, работник может обратиться в суд с требованием о возврате удержанной суммы и компенсации морального вреда.
В судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям работника... о неправомерных действиях (бездействии) работодателя при обработке и защите персональных данных работника, о компенсации морального вреда, причиненного работнику неправомерными действиями (бездействием) работодателя.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 391
При обращении в суд необходимо соблюдать сроки, установленные статьёй 392 ТК РФ. Работник узнал о нарушении своего права в момент удержания суммы из зарплаты, поэтому на подачу иска у него есть три месяца с этой даты. По эпизодам с непредоставлением отпуска и нарушением графика работы срок также исчисляется отдельно для каждого случая нарушения, но длящийся характер этих нарушений может продлевать возможность защиты при своевременном обращении по последнему факту.
Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении - в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки или со дня предоставления работнику в связи с его увольнением сведений о трудовой деятельности
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 392
Помимо судебной защиты, работник может инициировать привлечение работодателя к административной ответственности. Статья 5.27 КоАП РФ устанавливает санкции за нарушение трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права. Неправомерное удержание из зарплаты (нарушение порядка оплаты труда), несоблюдение графика работы и непредоставление ежегодного отпуска являются такими нарушениями, и за них работодателю грозит предупреждение или административный штраф.
Статья 5.27. Нарушение трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права, если иное не предусмотрено частями 3, 4 и 6 настоящей статьи и статьей 5.27.1 настоящего Кодекса, - влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, - от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на юридических лиц - от тридцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей.
— Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях, ст. 5.27
Дела об указанных административных правонарушениях рассматривает федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий надзор за соблюдением трудового законодательства, что прямо предусмотрено статьёй 23.12 КоАП РФ. Таким органом является Федеральная служба по труду и занятости (Роструд) и её территориальные инспекции. Работник может подать жалобу в государственную инспекцию труда по месту нахождения работодателя, которая обязана провести проверку и при наличии состава правонарушения возбудить дело об административном правонарушении.
Федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий федеральный государственный надзор за соблюдением трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права, рассматривает дела об административных правонарушениях, предусмотренных частями 1, 3, 4 и 6 статьи 5.27, частями 1 - 4 статьи 5.27.1, статьями 5.27.2, 5.28 - 5.34, частью 1 статьи 14.54, частью 2 статьи 15.33.2, статьей 15.34 настоящего Кодекса.
— Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях, ст. 23.12
В отношении первого вопроса о правомерности удержания суммы за оформление удостоверений в приведённом контексте отсутствует прямая норма, регулирующая основания и порядок удержаний из заработной платы. Такие нормы содержатся в статьях 137–138 Трудового кодекса РФ (ограничение удержаний и перечень допустимых случаев). Исходя из общих принципов, удержание возможно только в случаях, прямо предусмотренных законом или при наличии письменного согласия работника. Поскольку работодатель обещал бесплатное оформление, а работник понёс расходы самостоятельно, законных оснований для последующего удержания не имеется, и это действие является неправомерным, что подтверждается отнесением такого спора к компетенции суда по ст. 391 ТК РФ.