Порядок уведомления об ограничении установлен статьей 16 того же закона: уведомление выдается не позднее трех рабочих дней после принятия решения. Поскольку вы не получали такого уведомления, формальных оснований полагать, что ваше право на выезд ограничено по указанному основанию, нет.
Статья 16. Во всех случаях временного ограничения права на выезд из Российской Федерации, предусмотренных статьей 15 настоящего Федерального закона, органы государственной власти Российской Федерации ... не позднее трех рабочих дней, следующих за днем принятия такого решения, выдают (направляют) данному гражданину или его законному представителю уведомление.
— Федеральный закон от 15 августа 1996 г. № 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию», ст. 16
Вместе с тем, вы работаете в военном комиссариате и имеете третью форму допуска к государственной тайне. Специальные нормы, детализирующие обязанности таких лиц при выезде за границу, содержатся в Указе Президента РФ от 30 марта 2012 г. № 348 «О выезде из Российской Федерации лиц, имеющих допуск к государственной тайне» и в Инструкции о порядке допуска к государственной тайне (утв. Постановлением Правительства РФ от 6 февраля 2010 г. № 63). В предоставленном контексте эти документы отсутствуют, однако они имеют прямое отношение к вашему случаю. Указ № 348 распространяется на всех лиц, имеющих допуск к государственной тайне (включая форму 3), и устанавливает порядок согласования выезда. Как правило, такой порядок предусматривает необходимость получения разрешения от режимного отдела (или иного подразделения по защите государственной тайны) перед каждой зарубежной поездкой, вне зависимости от конкретной страны. Ваша ситуация — выезд в Абхазию, которая признаётся Российской Федерацией как иностранное государство, следовательно, поездка считается выездом за границу. Поэтому требование работодателя о согласовании с режимным отделом является обоснованным и основанным на ведомственных инструкциях.
Если вы поедете без согласования, это может быть расценено как нарушение трудовых обязанностей. Трудовой кодекс РФ в статье 192 предусматривает дисциплинарные взыскания за неисполнение или ненадлежащее исполнение работником по его вине возложенных на него трудовых обязанностей. К таким обязанностям относится соблюдение режима секретности и порядка выезда, установленного локальными актами.
Статья 192. Дисциплинарные взыскания За совершение дисциплинарного проступка, то есть неисполнение или ненадлежащее исполнение работником по его вине возложенных на него трудовых обязанностей, работодатель имеет право применить следующие дисциплинарные взыскания: 1) замечание; 2) выговор; 3) увольнение по соответствующим основаниям.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 192
Порядок применения взыскания регламентирован статьей 193 ТК РФ, требующей письменного объяснения от работника до наложения взыскания. Таким образом, поездка без согласования может повлечь замечание или выговор, а в случае повторного нарушения или при наличии дополнительных оснований — увольнение (например, за разглашение государственной тайны, но в вашем случае это маловероятно, так как вы не вхожи в секретные материалы).
Что касается статуса Абхазии: разъяснений о том, что выезд в Абхазию требует особого разрешения именно для лиц с допуском к гостайне, в предоставленном контексте нет. Однако поскольку Абхазия является иностранным государством, на неё распространяются общие правила выезда. Если бы у вас был допуск к сведениям особой важности или совершенно секретным, то статья 15 114-ФЗ напрямую ограничила бы выезд, но для формы 3 такого автоматического ограничения нет. Тем не менее, ведомственные инструкции (например, приказы Министерства обороны) могут устанавливать обязанность согласовывать выезд в любые иностранные государства, включая Абхазию, независимо от формы допуска. Поскольку у вас 3-я форма, вы обязаны соблюдать эти инструкции, и отказ от согласования может стать дисциплинарным проступком.