Даже если бы обучение началось, статья 249 ограничивает ответственность работника пропорционально неотработанному времени после окончания обучения, что полностью исключает взыскание «неустойки» за отказ до начала.
Попытка взыскать с вас так называемую «неустойку» или понуждение к возмещению расходов за уже пройденную медкомиссию также не основана на законе. Согласно статье 232 ТК РФ, условиями трудового договора может конкретизироваться материальная ответственность сторон, но с важнейшим ограничением: договорная ответственность работника не может быть выше, чем это предусмотрено Трудовым кодексом или иными федеральными законами. Условие, обязывающее вас компенсировать любые расходы (в том числе на медосмотр) при отказе от работы до начала обучения, как раз пытается установить ответственность выше той, что допускается законом, поскольку по общему правилу расходы на обязательный медосмотр несёт работодатель, а ваше решение не приступать к работе не образует реального ущерба:
Сторона трудового договора (работодатель или работник), причинившая ущерб другой стороне, возмещает этот ущерб в соответствии с настоящим Кодексом и иными федеральными законами.
Трудовым договором или заключаемыми в письменной форме соглашениями, прилагаемыми к нему, может конкретизироваться материальная ответственность сторон этого договора.
При этом договорная ответственность работодателя перед работником не может быть ниже, а работника перед работодателем - выше, чем это предусмотрено настоящим Кодексом или иными федеральными законами.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 232
Более того, для наступления материальной ответственности необходимо установить виновное противоправное поведение стороны, причинившей ущерб, и доказать размер этого ущерба. Это прямо следует из статьи 233 ТК РФ. Отказ от работы до начала обучения, даже если был подписан договор с ученическим условием, сам по себе не является противоправным — вы вправе передумать. Работодатель обязан доказать, что ваш отказ причинил ему реальный ущерб (например, уже оплаченные, но не использованные курсы). Поскольку обучение не началось, никаких документально подтверждённых убытков, кроме разве что стоимости медосмотра (который является обязанностью работодателя по ст. 212 ТК РФ), у работодателя нет:
Материальная ответственность стороны трудового договора наступает за ущерб, причиненный ею другой стороне этого договора в результате ее виновного противоправного поведения (действий или бездействия), если иное не предусмотрено настоящим Кодексом или иными федеральными законами. Каждая из сторон трудового договора обязана доказать размер причиненного ей ущерба.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 233
Дополнительно вы как работник имеете безусловное право расторгнуть трудовой договор по собственному желанию, предупредив работодателя письменно за две недели (или раньше по соглашению сторон). Это право не связано с возмещением каких-либо сумм, кроме случаев, прямо указанных в законе (статья 249). Поскольку вы ещё не приступили к обучению и не отработали ни дня, статья 80 ТК РФ позволяет вам прекратить отношения без каких-либо штрафов:
Работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели, если иной срок не установлен настоящим Кодексом или иным федеральным законом. ... По соглашению между работником и работодателем трудовой договор может быть расторгнут и до истечения срока предупреждения об увольнении.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 80
Что касается подписания договора в одном экземпляре: Трудовой кодекс не содержит прямого запрета на такой порядок, но нарушает ваше право на получение экземпляра договора (ст. 67 ТК РФ). Однако сам по себе этот факт не делает договор недействительным и не освобождает от обязанностей, которые в нём прописаны. Тем не менее, отсутствие у вас на руках подписанного экземпляра не меняет того, что условие о «неустойке» за несостоявшееся обучение незаконно в силу противоречия статьям 232 и 249 ТК РФ.