Проработала 9 месяцев без трудового договора как самозанятая и ИП: могу ли обратиться в трудовую инспекцию по факту подмены трудовых отношений? Какие документы подготовить?

Согласно ст. 67 Трудового кодекса РФ, трудовой договор считается заключенным с момента фактического допущения работника к работе с ведома или по поручению работодателя, независимо от его письменного оформления. В вашей ситуации вы проработали в компании 9 месяцев, приступили к работе по поручению работодателя, который обещал оформить трудовой договор, а затем предложил работать как самозанятая. Этот факт, подтвержденный скриншотами переписки и выписками о переводах, указывает на то, что трудовые отношения фактически возникли, несмотря на отсутствие письменного договора. Работодатель обязан был оформить договор не позднее трех рабочих дней с момента вашего фактического допуска, однако этого не сделал, что свидетельствует о прямом нарушении:

Трудовой договор, не оформленный в письменной форме, считается заключенным, если работник приступил к работе с ведома или по поручению работодателя или его уполномоченного на это представителя. При фактическом допущении работника к работе работодатель обязан оформить с ним трудовой договор в письменной форме не позднее трех рабочих дней со дня фактического допущения работника к работе, а если отношения, связанные с использованием личного труда, возникли на основании гражданско-правового договора, но впоследствии были признаны трудовыми отношениями, - не позднее трех рабочих дней со дня признания этих отношений трудовыми отношениями, если иное не установлено судом.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 67

Применение ст. 68 ТК РФ подтверждает, что прием на работу в любом случае оформляется именно трудовым договором, а не альтернативными схемами с самозанятостью, ИП или ООО. Ваша работа выполнялась на регулярной основе в течение длительного периода (9 месяцев), под контролем работодателя, что указывает на трудовые, а не гражданско-правовые отношения. Работодатель не вправе был заменять трудовой договор соглашениями о самозанятости или договорами через ИП:

Прием на работу оформляется трудовым договором. Работодатель вправе издать на основании заключенного трудового договора приказ (распоряжение) о приеме на работу. Содержание приказа (распоряжения) работодателя должно соответствовать условиям заключенного трудового договора.
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 68

Поскольку работодатель умышленно уклонялся от оформления трудового договора, использовал схему выплат через самозанятость, ИП и ООО, это подпадает под состав административного правонарушения, предусмотренного ст. 5.27 КоАП РФ. Ваше обращение в трудовую инспекцию может привести к привлечению компании к ответственности за подмену трудовых отношений. В данном случае работодатель фактически регулировал вашу занятость, как трудовую (режим работы, подчинение, регулярность выплат), но оформил ее как гражданско-правовую:

Статья 5.27. Нарушение трудового законодательства и иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права. Часть 4: Уклонение от оформления или ненадлежащее оформление трудового договора либо заключение гражданско-правового договора, фактически регулирующего трудовые отношения между работником и работодателем, - влечет наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, - от пяти тысяч до десяти тысяч рублей; на юридических лиц - от пятидесяти тысяч до ста тысяч рублей.
— Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях, ст. 5.27

Статья 392 ТК РФ устанавливает сроки для обращения именно в суд за разрешением индивидуального трудового спора — три месяца со дня, когда вы узнали о нарушении своего права, и один месяц по спорам об увольнении. Однако это не ограничивает ваше право на обращение в трудовую инспекцию, где срок давности по таким нарушениям составляет один год с момента совершения (по общему правилу КоАП РФ). Вы уволены недавно, а последняя выплата по текущей схеме произведена в течение 9 месяцев, поэтому срок на обращение в инспекцию не пропущен:

Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении - в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки или со дня предоставления работнику в связи с его увольнением сведений о трудовой деятельности
— Трудовой кодекс Российской Федерации, ст. 392

В предоставленном контексте отсутствуют нормы, прямо регулирующие обязанность работодателя выплатить отпускные при увольнении, если трудовой договор не оформлен. Такие нормы содержатся в ст. 127 ТК РФ («Реализация права на отпуск при увольнении работника»), а также в ст. 139 ТК РФ о порядке расчета среднего заработка. Однако, поскольку ст. 67 ТК РФ признает трудовые отношения возникшими, у вас есть право требовать от работодателя все гарантии, предусмотренные Трудовым кодексом, включая компенсацию за неиспользованный отпуск при увольнении (пропорционально отработанному времени). Отказ работодателя со ссылкой на отсутствие официального оформления неправомерен, так как фактически возникшие трудовые отношения влекут те же обязательства, что и письменный договор.