Относительно обязательности предварительного уведомления о выезде — в предоставленных нормах ТК РФ и Федерального закона «О государственной гражданской службе Российской Федерации» такое требование не установлено. Вы ушли в отпуск без заявления о выезде, но это само по себе не лишает вас права на компенсацию, если вы фактически понесли расходы и можете их подтвердить. Статья 53 Федерального закона № 79-ФЗ предусматривает для гражданских служащих транспортное обслуживание и компенсации, но не содержит конкретных процедурных условий вроде предварительного уведомления. Отсутствие в контексте конкретного Постановления № 522 не позволяет сделать однозначный вывод, однако обычно такой порядок устанавливается ведомственными или локальными актами. Если в вашей организации принято предварительно уведомлять — несоблюдение этой процедуры может стать формальным основанием для отказа, но при наличии подтверждающих проездных документов (билетов) вы можете обжаловать отказ, ссылаясь на то, что право на компенсацию возникает в силу закона, а не в силу уведомления. Вам следует как можно скорее подать заявление о компенсации с приложением сохранённых билетов за два прошлых года и за текущий год, указав, что вы не знали о внутреннем порядке, и ссылаясь на ст. 325 ТК РФ как на основную норму, не требующую предварительного уведомления.
Гражданским служащим при определенных условиях, предусмотренных настоящим Федеральным законом или иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, законами или иными нормативными правовыми актами субъекта Российской Федерации, может предоставляться право на:
...
2) транспортное обслуживание, обеспечиваемое в связи с исполнением должностных обязанностей, в зависимости от категории и группы замещаемой должности гражданской службы, а также компенсация за использование личного транспорта в служебных целях и возмещение расходов, связанных с его использованием, в случаях и порядке, установленных соответственно нормативными правовыми актами Российской Федерации и нормативными правовыми актами субъекта Российской Федерации;
— Федеральный закон от 27.07.2004 № 79-ФЗ «О государственной гражданской службе Российской Федерации», ст. 53
Что касается компенсации за прошлые годы — вы не использовали проезд два года подряд, а хотите получить за три года (два пропущенных и текущий). Поскольку ст. 325 ТК РФ установлена периодичность «один раз в два года», вы можете претендовать на компенсацию только за один двухлетний период (например, за последние два года), но не за три года подряд, если только специальный акт (Постановление № 522) не допускает накопление за три года. В предоставленном контексте такого акта нет, поэтому следует исходить из общего правила: вы вправе получить компенсацию за прошедшие два года (проезд, который вы совершили, но не оформляли), представив билеты, и дополнительно за текущий год — если докажете поездку. Однако если вы не ездили в отпуск в течение двух лет, а только в текущем году совершили поездку, то компенсация полагается только за эту текущую поездку (так как право возникает только при фактическом отдыхе с использованием отпуска). Вы уточняете, что ездили к родителям в прошлом году — значит, вы можете подать документы за прошлый год, но только один раз в два года, то есть за прошлый и текущий годы — одно право, которое вы реализуете сейчас. Два года подряд вы не использовали проезд, но это не означает, что у вас накопилось право на две компенсации — оно единое для двухгодичного периода. Поскольку ваш стаж более 5 лет, право на отпуск у вас возникло, и вы можете реализовать своё право на компенсацию за прошедший двухгодичный интервал, подав заявление даже после отпуска, с приложением билетов, если внутренними нормами не установлен иной срок. В контексте нет норм, ограничивающих такое право сроком давности, поэтому действуйте: подавайте заявление сейчас за прошлый (двухгодичный) период и за текущий отпуск, ссылаясь на ст. 325 ТК РФ. Если бухгалтерия откажет — потребуйте письменное обоснование и обжалуйте отказ, мотивируя тем, что ст. 325 не содержит запрета на подачу документов после отпуска, а предварительное уведомление не предусмотрено предоставленными НПА.